"Ryūkyū Timeline: Mirai Shōjo to Inishie no Ō" spielt in einer Welt, die die reiche Kultur und Geschichte der Ryūkyū-Inseln mit futuristischen Elementen verbindet. Die Handlung dreht sich um eine junge Protagonistin, die aus der Zukunft in die Vergangenheit reist, um das Schicksal ihrer Heimat zu verändern. Sie stammt aus einer Zeit, in der die Ryūkyū-Inseln von einer mysteriösen Bedrohung heimgesucht werden, die ihre Existenz gefährdet. Durch eine Zeitreise gelangt sie in eine Ära, in der die Inseln noch von alten Traditionen und Ritualen geprägt sind.

Im Verlauf der Geschichte trifft die Protagonistin auf einen jungen Prinzen, der in der Vergangenheit lebt und eine Schlüsselrolle in der Bewahrung der Kultur und des Erbes der Ryūkyū-Inseln spielt. Zusammen versuchen sie, die drohende Katastrophe abzuwenden, indem sie die Geheimnisse der Vergangenheit entschlüsseln und die Verbindung zwischen den Zeiten herstellen. Dabei stoßen sie auf mächtige Gegner, die ihre eigenen Pläne verfolgen und die Zukunft der Inseln bedrohen.

Die Handlung verbindet historische Elemente mit Science-Fiction, wobei die kulturellen Aspekte der Ryūkyū-Inseln, wie ihre Musik, Sprache und Bräuche, eine zentrale Rolle spielen. Die Protagonistin muss nicht nur die Herausforderungen der Vergangenheit meistern, sondern auch ihre eigene Identität und ihre Verbindung zur Zukunft verstehen. Die Beziehung zwischen den beiden Hauptfiguren entwickelt sich im Laufe der Geschichte, während sie gemeinsam gegen die Bedrohungen kämpfen und versuchen, die Zukunft zu retten.