Im frühen 18. Jahrhundert in Japan hat eine verheerende Seuche, bekannt als die Rotgesichtspocken, fast drei Viertel der männlichen Bevölkerung getötet und eine alternative Geschichte geschaffen, in der Frauen alle Rollen der Arbeit, Regierung und Führung übernommen haben. Innerhalb des Edo-Schlosses ist der Shogun nun eine Frau, und der Ōoku, einst ein Harem von Frauen, wurde in die Inneren Gemächer verwandelt, wo Hunderte der schönsten Männer des Landes als Konkubinen gehalten werden, denen es verboten ist zu gehen und die ausschließlich für das Vergnügen des Shoguns und die Hoffnung auf einen männlichen Erben existieren. Die Erzählung entfaltet sich über drei verschiedene Shogunate, die jeweils verschiedene Facetten dieser geschlechtsinvertierten Gesellschaft erkunden.

Die Geschichte beginnt mit der Herrschaft des achten Shogun, Yoshimune, einer pragmatischen und reformorientierten Herrscherin, die von den exorbitanten Kosten und archaischen Traditionen des Ōoku frustriert ist. Ein junger, verarmter Samurai namens Mizuno Yūnoshin tritt in die Inneren Gemächer ein, um im Austausch für eine Mitgift einen Ehemann für seine geliebte Schwester zu sichern, und lässt seine eigene Jugendliebe zurück. Mizuno steigt in den Rängen auf und erregt Yoshimunes Aufmerksamkeit mit seiner Ehrlichkeit. Als der Shogun ihn zu ihrem ersten Konkubinen wählt, eine Position, die traditionell zur Hinrichtung führt, um ihre Reinheit zu schützen, inszeniert Yoshimune stattdessen eine gefälschte Enthauptung. Nachdem sie ihn heimlich freigelassen hat, damit er seine Jugendliebe heiraten kann, beginnt Yoshimune, die Exzesse des Ōoku abzubauen. Ihre Neugierde darüber, warum Frauen an der Macht männliche Namen annehmen, führt sie zur alten Obersten Schreiberin, die ihr eine geheime Chronik mit dem Titel Die Chronik des Sterbenden Tages anvertraut, ein Text, der die wahre, verborgene Geschichte des Ōoku enthüllt.

Die Chronik spult die Erzählung in die Ära des dritten Shogun, Iemitsu, zurück, Jahrzehnte zuvor, als die Seuche noch neu war. Der gutaussehende buddhistische Abt Arikoto wird gewaltsam aus seinem Tempel geholt und von der mächtigen und rücksichtslosen Lady Kasuga in den Ōoku aufgenommen. Er ist schockiert zu entdecken, dass der echte Shogun Iemitsu an der Seuche gestorben ist und die Person auf dem Thron ein traumatisierter, unehelicher Sohn ist, der sich nun als männlicher Shogun ausgibt. Gezwungen, als ihr Hauptkonkubine zu dienen, wird der sanfte und intellektuelle Arikoto zum Vertrauten des unberechenbaren jungen Herrschers, dessen Mutter von Lady Kasuga ermordet wurde. Trotz ihrer aufrichtigen Liebe ist Arikoto steril. Lady Kasuga besorgt andere Männer, um die weibliche Iemitsu zu schwängern, die drei Töchter gebiert, bevor sie im jungen Alter von siebenundzwanzig Jahren stirbt. Auf ihrem Sterbebett bittet der Shogun Arikoto, ihre älteste Tochter zu führen und damit die neue matrilineare Nachfolge zu zementieren.

Die Chronik erkundet auch die Herrschaft des fünften Shogun, Tsunayoshi, einer schönen, aber politisch unberechenbaren Herrscherin, die ein notorisch wildes Sexleben hat. Sie wird von ihrem Vater dominiert und ist von intriganten Konkubinen umgeben, die um die Zeugung eines Erben wetteifern. Der alternde, aber kluge Adlige Emonnosuke wird in den Ōoku gebracht und wird, anstatt ein Konkubine zu werden, zum Generaldirektor der Inneren Gemächer. Er hilft Tsunayoshi, die tückische Politik der Fortpflanzung zu navigieren und sich aus der Kontrolle ihres Vaters zu befreien. Als sie die Menopause überschreitet, ohne einen stabilen Nachfolger zu haben, werden ihre Gefolgsleute verzweifelt. Ihre Oberhofdame, Yoshiyasu, gesteht eine geheime Liebe zu Tsunayoshi, bevor sie den sterbenden Shogun erstickt, um einen friedlichen Machtübergang zu ermöglichen.

In diesen Handlungsbögen zeigt die Serie eine Gesellschaft, in der Männer kostbare Handelswaren sind, die für die Zucht verwendet werden, oft prostituiert oder zu Verweichlichung verwöhnt werden, während Frauen männliche Personae annehmen, um eine bröckelnde patriarchale politische Struktur aufrechtzuerhalten. Der Ōoku selbst wird als vergoldetes Gefängnis politischer Intrigen, sexueller Gewalt und psychologischer Manipulation dargestellt. Die Erzählung endet damit, dass Yoshimune die Chronik liest und versteht, dass die Geschlechterumkehr die alten Machtstrukturen nicht abgeschafft, sondern nur invertiert hat, wobei Frauen nun in denselben Zyklen von Macht und Tradition gefangen sind wie die Männer vor ihnen. Die Grenzen Japans bleiben verschlossen, nicht nur vor dem Christentum, sondern vor einer fremden Welt, die niemals von der tödlichen Schwäche der Nation erfahren darf.