Die Realfilm-Specialfolge Skullman Prologue of Darkness dient als Prequel zur Anime-Serie von 2007 und ist zugleich als ein Pseudo-Prequel zum größeren Cyborg-009-Universum angelegt. Die Handlung spielt in der Stadt Otomo, wohin der Journalist Hayato Mikogami zurückkehrt, um verstörenden Gerüchten über eine Reihe brutaler Morde nachzugehen, die von einer mysteriösen Figur mit einer Totenkopfmaske begangen wurden. Bald gesellt sich die junge Fotografin Kiriko Mamiya zu ihm, und gemeinsam beginnen sie, die dunklen Geheimnisse unter der scheinbar gewöhnlichen Oberfläche der Stadt aufzudecken.

Während Hayato und Kiriko ermitteln, entdecken sie ein komplexes Netz aus Verbindungen zwischen den Opfern, einem einflussreichen lokalen Pharmakonzern und einer mysteriösen neuen religiösen Sekte. Ihre Suche nach der Wahrheit führt zu einer erschreckenden wissenschaftlichen Verschwörung, bei der Experimente zur Erschaffung seltsamer, halb menschlicher, halb tierischer Kreaturen durchgeführt werden, die nachts mit Blutdurst durch die Straßen streifen. Die Specialfolge verfolgt außerdem eine separate Erzählstrang, der sich um den Pharmaforscher Hiroshi, gespielt von Shigeki Hosokawa, und seine Verlobte Michiko, gespielt von der Popsängerin Ami Suzuki, dreht. Sie verstricken sich in einen Auftrag, geheime Dokumente aus einem Labor zu stehlen, was zu einer schicksalhaften Begegnung mit dem maskierten Totenkopfmann führt. Diese Realfilm-Episode fungiert als Ursprungsgeschichte des Skullman und stellt die Figur als dunklen Prototyp dar, der der Erschaffung der Cyborgs im 009-Universum vorausgeht.