"Medaka Box S2" setzt die Handlung der ersten Staffel fort und vertieft die Ereignisse an der Hakoniwa Academy. Die Schülerratspräsidentin Medaka Kurokami führt weiterhin den sogenannten "Medaka Box" fort, eine Anlaufstelle für Schüler, die Hilfe bei ihren Problemen benötigen. Zusammen mit ihrem treuen Freund Zenkichi Hitoyoshi und weiteren Mitgliedern des Schülerrats nimmt sie sich verschiedener Fälle an, die oft über das Alltägliche hinausgehen.

Im Verlauf der zweiten Staffel rückt die mysteriöse Organisation "Flask Plan" stärker in den Fokus. Diese Gruppe, die von der ehemaligen Schülerratspräsidentin Najimi Ajimu gegründet wurde, hat das Ziel, sogenannte "Abnormals" zu identifizieren und zu fördern – Menschen mit übernatürlichen Fähigkeiten. Medaka, die selbst als "Ultimate God" bezeichnet wird, wird in die Pläne der Organisation verwickelt, da sie als Schlüsselfigur für deren Ziele gilt.

Die Handlung entwickelt sich zunehmend zu einem Kampf zwischen Medaka und den Mitgliedern des Flask Plans, die ihre eigenen Ambitionen und Methoden verfolgen. Dabei treten neue Charaktere wie Kumagawa Misogi, ein ehemaliges Mitglied des Flask Plans, in den Vordergrund. Kumagawa, der über die Fähigkeit "All Fiction" verfügt, stellt eine komplexe und ambivalente Figur dar, die sowohl als Gegenspieler als auch als Verbündeter agiert.

Die zweite Staffel legt einen stärkeren Fokus auf Action und übernatürliche Elemente, während gleichzeitig die Beziehungen zwischen den Charakteren weiterentwickelt werden. Themen wie Macht, Moral und die Natur von Talent werden in den Konflikten und Dialogen aufgegriffen. Die Dynamik zwischen Medaka und Zenkichi bleibt ein zentraler Aspekt, wobei Zenkichis Loyalität und seine eigenen Gefühle für Medaka eine wichtige Rolle spielen.

Insgesamt präsentiert "Medaka Box S2" eine Mischung aus Schulalltag, übernatürlichen Kämpfen und philosophischen Untertönen, die die Serie von einer einfachen Comedy zu einer komplexeren Handlung mit tiefergehenden Konflikten und Charakterentwicklungen führt.