"Mahouka Koukou no Rettousei" spielt in einer Welt, in der Magie eine wissenschaftlich erforschte und systematisch anwendbare Technologie darstellt. Die Handlung konzentriert sich auf die Geschwister Tatsuya und Miyuki Shiba, die die First High School besuchen, eine Eliteschule für Magieanwender. Die Gesellschaft ist stark hierarchisch geprägt, wobei Magieanwender in "Blooms" (Elite) und "Weeds" (weniger talentierte Schüler) unterteilt werden. Tatsuya, trotz seiner außergewöhnlichen Fähigkeiten, wird aufgrund seiner scheinbar geringen magischen Begabung als "Weed" eingestuft, während Miyuki als hochtalentierte "Bloom" gilt.

Tatsuya besitzt jedoch einzigartige Fähigkeiten, die ihn zu einem strategisch wertvollen Magieanwender machen, obwohl er in traditioneller Magie als schwach gilt. Seine Fähigkeiten umfassen präzise Analyse, Zerstörung magischer Strukturen und die Manipulation von Informationspartikeln, was ihn in Kampfsituationen äußerst effektiv macht. Miyuki hingegen ist eine Meisterin der modernen Magie und wird von ihren Mitschülern bewundert. Die Geschwister teilen eine enge Bindung, die über das übliche Maß hinausgeht, was gelegentlich zu Spannungen führt.

Die Serie folgt den Geschwistern durch verschiedene Herausforderungen, darunter schulische Wettbewerbe, politische Intrigen und Konflikte mit terroristischen Gruppen, die die magische Gesellschaft bedrohen. Ein zentraler Konflikt ist die Auseinandersetzung mit der Organisation "Blanche", die gegen die Diskriminierung von "Weeds" kämpft, jedoch mit radikalen Methoden. Tatsuya und Miyuki werden in diese Konflikte hineingezogen und müssen ihre Fähigkeiten nutzen, um ihre Schule und ihre Verbündeten zu schützen.

Neben den Geschwistern spielen weitere Charaktere eine wichtige Rolle, darunter ihre Klassenkameraden Erika Chiba, Leonhard Saijou und Mizuki Shibata, die jeweils über eigene magische Fähigkeiten verfügen und die Gruppe in ihren Abenteuern unterstützen. Die Serie thematisiert auch die ethischen und sozialen Implikationen der magischen Technologie, insbesondere die Spaltung der Gesellschaft in Elite und Nicht-Elite sowie die politischen Machtkämpfe, die daraus resultieren.

"Mahouka Koukou no Rettousei" verbindet Elemente von Action, Science-Fiction und Schuldrama, wobei die magische Technologie und ihre Anwendungen im Mittelpunkt stehen. Die Handlung ist geprägt von strategischen Kämpfen, technologischen Innovationen und den komplexen Beziehungen zwischen den Charakteren.