"Alien Nine" ist ein dreiteiliger Anime, der auf dem gleichnamigen Manga von Hitoshi Tomizawa basiert. Die Handlung spielt in einer Welt, in der außerirdische Lebensformen, sogenannte "Aliens", regelmäßig auf der Erde landen und oft eine Bedrohung darstellen. Um diese Bedrohung zu bewältigen, werden an Schulen spezielle Schülerteams gebildet, die als "Alien-Jäger" fungieren. Diese Teams bestehen aus Schülerinnen, die mit speziellen Geräten ausgestattet sind, um die Aliens zu fangen und zu kontrollieren.

Die Protagonistin Yuri Otani ist eine ängstliche und zurückhaltende Schülerin der sechsten Klasse, die widerwillig in das Alien-Jäger-Team ihrer Schule gewählt wird. Zusammen mit ihren Klassenkameradinnen Kumi Kawamura und Kasumi Tomine sowie ihrem Lehrer, Herr Miyamoto, muss sie sich der Herausforderung stellen, die Aliens zu bekämpfen. Yuri hat große Angst vor den Aliens und fühlt sich oft überfordert, während Kumi und Kasumi unterschiedliche Herangehensweisen an ihre Aufgaben zeigen. Kumi ist enthusiastisch und mutig, während Kasumi ruhig und analytisch vorgeht.

Im Laufe der Geschichte wird deutlich, dass die Aliens nicht nur eine äußere Bedrohung darstellen, sondern auch die psychologischen und emotionalen Grenzen der Charaktere herausfordern. Yuri wird besonders von einem Alien namens "Borg" begleitet, das sich an ihren Kopf heftet und mit ihr kommuniziert. Diese Symbiose führt zu inneren Konflikten, da Yuri sich zunehmend mit ihrer eigenen Angst und Unsicherheit auseinandersetzen muss. Gleichzeitig wird die Beziehung zwischen den Mädchen und ihrem Lehrer komplexer, da sich zeigt, dass auch Erwachsene mit den Konsequenzen des Alien-Kontakts zu kämpfen haben.

Die Handlung entwickelt sich zu einer düsteren und psychologisch intensiven Erzählung, die Themen wie Angst, Identität und die Grenzen zwischen Mensch und Alien erforscht. Die Charaktere werden mit moralischen Dilemmata konfrontiert, während sie versuchen, ihre Aufgaben zu erfüllen und gleichzeitig ihre Menschlichkeit zu bewahren. Der Anime endet mit offenen Fragen und einer Atmosphäre der Ungewissheit, die den Zuschauer zum Nachdenken über die Konsequenzen von Fremdheit und Anpassung anregt.