Die OVA "Sakura Wars" spielt in einer alternativen Version des frühen 20. Jahrhunderts, in der Technologie und mystische Kräfte koexistieren. Die Handlung konzentriert sich auf die Kaiserliche Kampftruppe, eine geheime Einheit, die aus jungen Frauen besteht, die sowohl als Schauspielerinnen des Großen Kaiserlichen Theaters als auch als Kämpferinnen gegen übernatürliche Bedrohungen agieren. Die Gruppe wird von Ichiro Ogami angeführt, einem jungen Offizier, der als Kommandant der Truppe fungiert.

Die Geschichte beginnt mit Ogamis Ankunft in der Hauptstadt, wo er das Kommando über die Kampftruppe übernimmt. Die Mitglieder der Truppe, darunter Sakura Shinguji, Maria Tachibana, Iris Chateaubriand, Kohran Li und Kanna Kirishima, sind nicht nur talentierte Kämpferinnen, sondern auch Schauspielerinnen, die das Publikum mit ihren Aufführungen begeistern. Jede von ihnen besitzt einzigartige Fähigkeiten und Persönlichkeiten, die sie sowohl im Kampf als auch auf der Bühne auszeichnen.

Die Handlung entwickelt sich um die Bedrohung durch dunkle, übernatürliche Kräfte, die die Stadt bedrohen. Die Kaiserliche Kampftruppe nutzt ihre mechanisierten Kampfroboter, die sogenannten "Koubu", um diese Bedrohungen zu bekämpfen. Dabei müssen sie nicht nur ihre kämpferischen Fähigkeiten unter Beweis stellen, sondern auch ihre Teamarbeit und ihr Vertrauen zueinander stärken. Die Beziehungen zwischen den Charakteren, insbesondere zwischen Ogami und den Mitgliedern der Truppe, spielen eine zentrale Rolle in der Entwicklung der Geschichte.

Im Laufe der OVA werden die Hintergründe der Charaktere und ihre Motivationen näher beleuchtet. Sakura, die als Hauptfigur fungiert, steht oft im Mittelpunkt der Handlung. Ihre Entschlossenheit und ihr Wunsch, ihre Freunde und die Stadt zu schützen, treiben die Handlung voran. Gleichzeitig wird die Dynamik innerhalb der Truppe durch Konflikte und persönliche Herausforderungen geprägt, die ihre Zusammenarbeit und ihren Zusammenhalt auf die Probe stellen.

Die OVA kombiniert Elemente des Action-Genres mit dramatischen und humorvollen Momenten, wobei die Balance zwischen den kämpferischen Auseinandersetzungen und den zwischenmenschlichen Beziehungen der Charaktere im Vordergrund steht. Die Handlung mündet in einen finalen Konflikt, in dem die Truppe ihre Stärke und Einheit unter Beweis stellen muss, um die Stadt vor der endgültigen Zerstörung zu bewahren.