Die Anime-Serie "Hundred" spielt in einer Welt, die von mysteriösen Kreaturen namens Savage bedroht wird. Diese Wesen greifen die Menschheit an und können nur durch den Einsatz spezieller Waffen, den sogenannten Hundred, bekämpft werden. Diese Waffen sind einzigartige Artefakte, die nur von bestimmten Personen, den Slayers, genutzt werden können. Die Handlung konzentriert sich auf Hayato Kisaragi, einen jungen Mann, der sich an der Little Garden Military Academy einschreibt, einer Elite-Akademie, die Slayer ausbildet, um gegen die Savage zu kämpfen.

Hayato besitzt die seltene Fähigkeit, ein Hundred zu nutzen, und wird schnell zu einer Schlüsselfigur im Kampf gegen die Bedrohung. An der Akademie trifft er auf verschiedene Charaktere, darunter Emile Crossfode, eine talentierte Slayerin, die sich als sein größter Rivale erweist, und Claire Harvey, eine Klassenkameradin, die eine enge Beziehung zu Hayato entwickelt. Im Laufe der Serie wird Hayatos Vergangenheit aufgedeckt, insbesondere seine Verbindung zu einem mächtigen Hundred und seine Rolle in früheren Konflikten mit den Savage.

Die Handlung entwickelt sich durch eine Mischung aus Action, Schulleben und zwischenmenschlichen Beziehungen. Hayato und seine Mitstreiter müssen sich nicht nur gegen die Savage behaupten, sondern auch interne Konflikte und Rivalitäten an der Akademie bewältigen. Dabei werden Themen wie Freundschaft, Loyalität und die Verantwortung, die mit großer Macht einhergeht, erkundet. Die Serie kombiniert Kampfszenen mit Momenten der Charakterentwicklung, wobei die Dynamik zwischen den Hauptfiguren im Mittelpunkt steht.

Ein zentraler Aspekt der Geschichte ist die Entdeckung der wahren Natur der Savage und der Hundred. Im Laufe der Serie wird deutlich, dass es mehr über diese Bedrohung zu erfahren gibt, als zunächst angenommen wurde. Hayato und seine Freunde müssen sich nicht nur gegen äußere Feinde behaupten, sondern auch die Geheimnisse ihrer eigenen Welt aufdecken. Die Serie endet mit einem offenen Finale, das Raum für weitere Entwicklungen lässt und die Zuschauer mit Fragen zurücklässt, die über die unmittelbare Handlung hinausgehen.