Die Anime-Serie "Gilgamesh" spielt in einer dystopischen Zukunft, in der die Welt durch ein mysteriöses Ereignis, bekannt als der "Twin X", tiefgreifend verändert wurde. Nach diesem Vorfall bricht die globale Kommunikation zusammen, und die Erde wird von einer seltsamen, schwebenden Struktur namens "Tower of Babel" dominiert. Die Gesellschaft ist in Chaos gestürzt, und die Überlebenden kämpfen ums Überleben in einer von Armut und Gewalt geprägten Welt.

Im Zentrum der Handlung stehen die Geschwister Tatsuya und Kiyoko Madoka, die nach dem Tod ihrer Mutter und dem Verschwinden ihres Vaters, eines Wissenschaftlers, der an Experimenten im Zusammenhang mit dem Twin X beteiligt war, allein zurückbleiben. Die beiden werden von einer geheimnisvollen Organisation namens "Orga" verfolgt, die über übernatürliche Fähigkeiten verfügt und von der mysteriösen Figur Enkidu angeführt wird. Orga besteht aus Jugendlichen, die durch genetische Experimente verändert wurden und über telekinetische Kräfte verfügen. Sie verfolgen ihre eigenen Ziele, die mit dem Tower of Babel und der Kontrolle über die neue Weltordnung verbunden sind.

Tatsuya und Kiyoko schließen sich einer Gruppe von Rebellen an, die gegen Orga und die Tower of Babel kämpfen. Dabei entdecken sie, dass ihre eigene Familie eng mit den Ereignissen um den Twin X und den daraus resultierenden Veränderungen verbunden ist. Kiyoko besitzt unerklärliche Kräfte, die sie von ihrem Vater geerbt zu haben scheint, während Tatsuya versucht, seine Schwester zu beschützen und gleichzeitig die Wahrheit über ihre Vergangenheit aufzudecken.

Die Serie thematisiert die moralischen und ethischen Fragen, die mit wissenschaftlichem Fortschritt und Machtmissbrauch einhergehen, sowie die Auswirkungen von Isolation und Verlust auf die menschliche Psyche. Die Charaktere sind komplex und oft von ihren eigenen inneren Konflikten getrieben, während sie in einer Welt voller Unsicherheit und Gefahr navigieren. Die Handlung entwickelt sich langsam und atmosphärisch, mit zahlreichen Rückblenden, die die Hintergründe der Charaktere und die Ursprünge des Twin X beleuchten.

"Gilgamesh" ist eine düstere und philosophische Serie, die sich mit Themen wie Schicksal, Schuld und der Suche nach Identität auseinandersetzt. Die Handlung ist geprägt von mysteriösen Elementen, politischen Intrigen und den psychologischen Auswirkungen einer postapokalyptischen Welt. Die Serie endet mit einer offenen, aber dennoch befriedigenden Auflösung, die Raum für Interpretationen lässt.