"Boku no Hero Academia" spielt in einer Welt, in der die Mehrheit der Bevölkerung über sogenannte "Quirks" verfügt, übernatürliche Fähigkeiten, die von Generation zu Generation weitergegeben werden. Die Gesellschaft hat sich an diese Entwicklung angepasst, und Berufe wie "Pro-Hero" sind entstanden, um die öffentliche Sicherheit zu gewährleisten. Die Handlung konzentriert sich auf Izuku Midoriya, einen jungen Schüler, der ohne Quirk geboren wurde, aber dennoch davon träumt, ein Held zu werden. Nach einem Zusammentreffen mit All Might, dem größten Helden der Welt, erhält Midoriya dessen Quirk "One For All", eine einzigartige Kraft, die von Träger zu Träger weitergegeben wird und sich mit jeder Weitergabe verstärkt.

Midoriya beginnt seine Ausbildung an der U.A. High School, einer Elite-Akademie für angehende Helden. Dort trifft er auf eine Vielzahl von Mitschülern, darunter Katsuki Bakugo, seinen ehemaligen Kindheitsfreund und Rivalen, sowie Shoto Todoroki, einen begabten Schüler mit einem komplexen familiären Hintergrund. Die Serie begleitet Midoriya und seine Klassenkameraden durch ihre Ausbildung, während sie sich Herausforderungen wie praktischen Übungen, Prüfungen und realen Bedrohungen durch Schurken stellen.

Ein zentraler Konflikt der Serie ist die Auseinandersetzung mit der Liga der Schurken, einer Organisation, die die bestehende Gesellschaftsordnung stürzen will. Angeführt von Tomura Shigaraki, einem charismatischen und gefährlichen Antagonisten, stellt die Liga eine ständige Bedrohung für die Helden dar. Im Laufe der Serie werden die Hintergründe und Motivationen der Charaktere auf beiden Seiten des Konflikts vertieft, wobei Themen wie Verantwortung, Moral und die Natur von Heldenhaftigkeit im Mittelpunkt stehen.

Die Handlung entwickelt sich durch mehrere Bögen, die sowohl die persönlichen Wachstumsprozesse der Schüler als auch die größeren gesellschaftlichen Konflikte beleuchten. Midoriya lernt, mit der immensen Kraft von One For All umzugehen, während er gleichzeitig die Geheimnisse dieser Fähigkeit und ihre Verbindung zu All Might und früheren Trägern aufdeckt. Parallel dazu werden die Beziehungen zwischen den Schülern, ihren Lehrern und den professionellen Helden weiterentwickelt, was zu einer dynamischen und vielschichtigen Erzählung führt.