"Joran: The Princess of Snow and Blood" spielt in einer alternativen Version des Japans der Taishō-Ära (1912–1926), in der die kaiserliche Familie durch die Nutzung einer mysteriösen Energiequelle namens "Houou" an der Macht gehalten wird. Die Geschichte dreht sich um die Geheimorganisation "Nue", die im Auftrag der Regierung arbeitet, um politische Gegner und Bedrohungen für das Kaiserreich zu eliminieren. Die Protagonistin, Sawa Yukimura, ist eine Meisterassassinin und Mitglied von Nue, die von Rache angetrieben wird. Ihre Familie wurde von einem Mann namens Jin Kuzuhara getötet, der ebenfalls ein ehemaliges Mitglied von Nue ist und nun als Verräter gilt.

Sawa arbeitet eng mit anderen Mitgliedern von Nue zusammen, darunter Asahi Tōdō, einem jungen Mann mit übernatürlichen Fähigkeiten, und Makoto Asahi, einem Wissenschaftler, der die Technologie von Nue entwickelt. Die Gruppe wird von ihrem Anführer, Lady Tokito, geleitet, die sowohl strategisch als auch mysteriös agiert. Im Laufe der Serie wird deutlich, dass die Handlungen von Nue und die Machenschaften der Regierung von tieferen Geheimnissen und politischen Intrigen geprägt sind. Sawa muss nicht nur ihre persönliche Rache verfolgen, sondern sich auch mit den moralischen Dilemmata ihrer Arbeit und den wahren Absichten ihrer Verbündeten auseinandersetzen.

Die Handlung wird durch eine Mischung aus historischen Elementen, Science-Fiction und übernatürlichen Motiven geprägt. Die Serie erforscht Themen wie Loyalität, Verrat und die Konsequenzen von Machtmissbrauch. Die Charaktere sind in eine komplexe Welt eingebettet, in der die Grenzen zwischen Gut und Böse verschwimmen. Die Handlung entwickelt sich durch eine Reihe von Konflikten und Enthüllungen, die sowohl Sawas persönliche Geschichte als auch die größeren politischen Spannungen in dieser alternativen Version Japans beleuchten.