"Dragonaut -the Resonance-" ist eine Anime-Serie, die in einer Welt spielt, in der Drachen und ihre menschlichen Partner, sogenannte Dragonauts, eine zentrale Rolle spielen. Die Handlung beginnt mit einem katastrophalen Ereignis, bei dem ein Asteroid namens Thanatos auf die Erde zusteuert und eine globale Krise auslöst. Um dieser Bedrohung zu begegnen, entwickelt die International Solarsystem Development Agency (ISDA) ein geheimes Programm, das darauf abzielt, Drachen zu erschaffen und sie mit ausgewählten Menschen zu verbinden, um die Menschheit zu schützen.

Der Protagonist, Jin Kamishina, ist ein junger Mann, der nach dem Tod seiner Familie in einem mysteriösen Unfall in tiefe Trauer und Isolation verfällt. Jahre später wird Jin von der ISDA rekrutiert, nachdem er auf eine mysteriöse Frau namens Toa trifft, die sich als Drache entpuppt. Toa ist eine einzigartige Kreatur, die die Fähigkeit besitzt, sich in eine menschliche Form zu verwandeln, und sie bildet mit Jin eine starke Resonanz, die sie zu einem mächtigen Team macht.

Im Laufe der Serie wird die Beziehung zwischen Jin und Toa immer komplexer, während sie sich den Herausforderungen stellen, die die ISDA und andere Organisationen ihnen auferlegen. Die ISDA verfolgt ihre eigenen Ziele, die nicht immer mit den Interessen der Dragonauts übereinstimmen, und es gibt interne Machtkämpfe sowie Bedrohungen von außen. Ein weiterer wichtiger Charakter ist Kazuki Tachibana, ein ehemaliger Dragonaut, der seine eigenen Motive hat und oft im Konflikt mit Jin steht.

Die Serie thematisiert die Beziehungen zwischen Menschen und Drachen, die oft von Misstrauen und Missverständnissen geprägt sind, sowie die ethischen Fragen, die sich aus der Schaffung und Nutzung von Drachen ergeben. Es gibt auch eine romantische Unterströmung zwischen Jin und Toa, die sich im Laufe der Handlung vertieft und die Dynamik ihrer Beziehung beeinflusst.

Neben den persönlichen Konflikten der Charaktere gibt es auch eine übergeordnete Bedrohung durch Thanatos, die die Handlung vorantreibt. Die Dragonauts müssen nicht nur gegen menschliche Gegner kämpfen, sondern auch gegen die unvorhersehbare Natur der Drachen selbst, die manchmal außer Kontrolle geraten können. Die Serie endet mit einer Konfrontation, die das Schicksal der Erde und aller beteiligten Charaktere entscheidet.