"Entanime" erzählt die Geschichte einer Gruppe von Jugendlichen, die in einer dystopischen Zukunft leben, in der die Grenzen zwischen Realität und virtueller Welt verschwimmen. Die Handlung spielt in einer hochtechnologisierten Gesellschaft, in der Menschen ihre Emotionen und Erinnerungen in einer digitalen Plattform speichern und teilen können. Diese Plattform, bekannt als "Eden", wird von einer mächtigen Organisation kontrolliert, die die Daten der Nutzer für undurchsichtige Zwecke manipuliert.

Die Protagonisten, darunter der introvertierte Programmierer Kaito und die rebellische Hackerin Yuna, entdecken, dass Eden nicht nur ein Werkzeug zur emotionalen Verbindung ist, sondern auch ein Instrument zur Überwachung und Kontrolle der Bevölkerung. Als sie auf eine geheime Gruppe von Aktivisten stoßen, die gegen die Organisation kämpfen, schließen sie sich ihnen an. Gemeinsam versuchen sie, die Wahrheit über Eden aufzudecken und die Machtstrukturen zu destabilisieren.

Im Verlauf der Handlung werden die Charaktere mit moralischen Dilemmata konfrontiert, insbesondere in Bezug auf den Preis der Freiheit und die ethischen Grenzen der Technologie. Kaito muss sich mit seiner Vergangenheit auseinandersetzen, während Yuna ihre eigenen Motive hinterfragt. Die Beziehung zwischen den beiden entwickelt sich von anfänglichem Misstrauen zu einer tiefen Verbundenheit, die durch gemeinsame Ziele und Herausforderungen gestärkt wird.

Die Handlung ist geprägt von politischen Intrigen, technologischen Konflikten und emotionalen Tiefen. Die Charaktere müssen nicht nur gegen äußere Feinde kämpfen, sondern auch ihre inneren Ängste und Zweifel überwinden. Die Serie thematisiert die Auswirkungen von Technologie auf die menschliche Identität und die Gefahren eines übermäßigen Vertrauens in digitale Systeme.