"Mezame no Hakobune" ist eine OVA, die in einer postapokalyptischen Welt spielt, in der die Menschheit nach einer globalen Katastrophe ums Überleben kämpft. Die Handlung dreht sich um eine Gruppe von Überlebenden, die in einer unterirdischen Stadt leben, die von einer mysteriösen Organisation kontrolliert wird. Diese Organisation behauptet, die letzte Hoffnung der Menschheit zu sein, doch ihre wahren Absichten sind undurchsichtig.

Die Protagonisten, darunter der junge und entschlossene Hiroshi, die intelligente und mutige Yuko sowie der rätselhafte Fremde Kano, entdecken Hinweise auf eine legendäre Arche, die angeblich die Menschheit retten kann. Diese Arche, bekannt als "Hakobune", soll sich an einem unbekannten Ort befinden und die Fähigkeit besitzen, die Erde wiederzubeleben. Die Gruppe beschließt, die Arche zu suchen, obwohl sie dabei zahlreiche Gefahren überwinden muss, darunter feindliche Fraktionen, gefährliche Mutanten und die Bedrohung durch die Organisation, die ihre Pläne zu vereiteln versucht.

Während ihrer Reise enthüllen sich nach und nach die Geheimnisse der Vergangenheit, einschließlich der Ursachen der Katastrophe und der wahren Natur der Arche. Die Charaktere werden mit moralischen Dilemmata konfrontiert, die ihre Loyalität, ihren Mut und ihre Menschlichkeit auf die Probe stellen. Die Handlung ist geprägt von Spannung, Action und philosophischen Fragen über das Überleben und die Zukunft der Menschheit.

Die OVA kombiniert Science-Fiction-Elemente mit einer düsteren Atmosphäre und erkundet Themen wie Hoffnung, Verrat und die Suche nach Wahrheit in einer zerstörten Welt. Die Charakterentwicklung steht im Mittelpunkt, wobei jeder Protagonist mit eigenen Motivationen und inneren Konflikten dargestellt wird, die die Dynamik der Gruppe beeinflussen.