Komaru Naegi ist die jüngere Schwester von Makoto Naegi und wird erstmals als Protagonistin des Spiels Danganronpa Another Episode: Ultra Despair Girls vorgestellt, in dem sie über ein Jahr lang gefangen gehalten wurde, bevor sie gerettet wurde. In Danganronpa 3: The End of Hope's Peak High School Future Arc erscheint sie ab der sechsten Episode. Zu Beginn ihrer Geschichte wird Komaru als überempfindlich, ängstlich und schwankend zwischen Hoffnung und Verzweiflung beschrieben; sie zögert oft, starke Hoffnung zu umarmen, weil sie fürchtet, dass dies unweigerlich zu größerer Verzweiflung führen wird. Zur Zeit des Future Arc ist sie jedoch selbstbewusster geworden und hat gelernt, geschickt gegen Monokuma-Roboter zu kämpfen. Sie behält einige kindliche Züge bei, wie leicht erregbar oder naiv zu sein, kann aber auch ernst sein, wenn die Situation es erfordert. Ihre Motivation im Future Arc ist eng mit ihrer früheren Konfrontation mit Monaca Towa, der Anführerin der Warriors of Hope, verbunden. Monaca kehrt zurück und, nachdem sie die Psychologin Miaya Gekkogahara getötet hat, nimmt sie deren Platz mit einem ferngesteuerten Roboter ein, der am Final Killing Game teilnimmt. Komarus frühere Erfahrung mit Monaca macht sie zu einer wichtigen Stütze bei der Bewältigung dieser neuen Bedrohung. Sie teilt eine starke Bindung zu ihrem Bruder Makoto, und ihre Partnerschaft mit Toko Fukawa, die während der Ereignisse von Ultra Despair Girls geschmiedet wurde, beeinflusst weiterhin ihr Handeln. Ihre Entwicklung zeigt sich in ihren verbesserten Kampffähigkeiten und ihrem selbstbewussteren Auftreten im Umgang mit Monokuma-Einheiten, während sie dennoch ihre mitfühlende und gelegentlich aufgeregte Natur bewahrt.