Junko Enoshima ist eine zentrale Figur in der Danganronpa-Reihe, und ihr Einfluss ist in Danganronpa 3: The End of Hope's Peak High School, insbesondere im Despair Arc, der als Prequel zu den Ereignissen des ersten Spiels dient, tief zu spüren. Während ihre physische Präsenz im Future Arc begrenzt ist, ist ihr Vermächtnis als Gründerin von Ultimate Despair der Katalysator für den Konflikt, der sich entfaltet.

Im Despair Arc von Danganronpa 3 wird Junko als charismatische und hochintelligente Schülerin gezeigt, die von der Hope's Peak Academy als Ultimate Fashionista angeworben wurde. Dieser Titel ist jedoch nur eine Fassade für ihr wahres, übermenschliches Talent: die Ultimate Analystin. Diese Fähigkeit erlaubt es ihr, Ergebnisse mit nahezu absoluter Sicherheit vorherzusagen, was zu einer tiefgreifenden und pathologischen Langeweile mit der vorhersehbaren Natur von Hoffnung und dem gewöhnlichen Leben führte. Ihre Besessenheit von Verzweiflung rührt direkt von dieser Langeweile her; sie findet Verzweiflung als die einzige unvorhersehbare und daher wirklich aufregende Emotion. Ihre Persönlichkeit ist notorisch unberechenbar, da sie ständig zwischen verschiedenen Personas wechselt, wie etwa krankhafter Niedlichkeit oder schwerer Depression, um ihre Langeweile zu lindern. Laut den Schöpfern ist ihr Verhalten in diesem Prequel-Arc näher an ihrem "wahren Selbst", das neutraler ist, bevor sich ihr Geisteszustand weiter verschlechtert.

Junkos Hauptmotivation ist es, Verzweiflung in der ganzen Welt zu verbreiten. In Danganronpa 3 plant sie die Tragödie, das Ereignis, das die Welt ins Chaos stürzt. Sie manipuliert andere, um dieses Ziel zu erreichen, insbesondere indem sie den Ultimate Animator, Ryota Mitarai, zwingt, einen Gehirnwäsche-Anime zu erstellen, den sie verwendet, um Schüler, einschließlich der gesamten Klasse 77-B, in ihre ergebenen Anhänger, bekannt als die Überreste der Verzweiflung, zu verwandeln. Ihre Beziehung zu ihrer eineiigen Zwillingsschwester, Mukuro Ikusaba, der Ultimate Soldier, ist einzigartig toxisch; sie liebt ihre Schwester, opfert sie aber letztendlich, um ein tieferes Gefühl persönlicher Verzweiflung zu erfahren. Sie hat auch eine komplexe, gegenseitig interessierte Beziehung zu Izuru Kamukura, der "Ultimate Hope", da seine eigenen analytischen Fähigkeiten und die daraus resultierende Langeweile ihre eigene widerspiegeln, was ihn dazu bringt, sich zunächst ihrer Sache anzuschließen.

Im Future Arc ist Junko Enoshima tot, nachdem sie am Ende des ersten Spiels hingerichtet wurde. Ihre Anwesenheit ist jedoch ein Gespenst, das die gesamte Erzählung heimsucht. Das letzte Killingspiel im Future Arc ist eine Folge des Chaos und der Paranoia, die sie über die Welt gebracht hat. Obwohl sie nicht die Drahtzieherin dieses neuen Spiels ist, erscheint sie in mehreren Schlüsselmomenten. Sie hat einen Cameo-Auftritt in einem Rückblick, wo sie gesehen wird, wie sie Erpressung einsetzt, um sicherzustellen, dass ihre Rolle beim Fall der Hope's Peak Academy vor der Öffentlichkeit geheim gehalten wird. Am bedeutendsten erscheint sie vielleicht als mentale Manifestation im Geist von Chisa Yukizome, ihrer ehemaligen Lehrerin und einem einer Gehirnwäsche unterzogenen Anhänger. Im Jenseits unterhält sich diese Manifestation mit Chisas Geist, während sie die Ereignisse des "letzten Killingspiels" beobachten, was den anhaltenden Einfluss ihrer Ideologie der Verzweiflung selbst nach ihrem Tod repräsentiert. Ihre bemerkenswerteste Fähigkeit, über ihr analytisches Genie hinaus, ist ihre beispiellose Manipulation, die sie nutzt, um eine globale Katastrophe hinter den Kulissen zu orchestrieren, ohne jemals direkt an den Hauptereignissen des Future Arc teilzunehmen.