Jubei Kibagami ist der Protagonist der Ninja-Scroll-Geschichte, ein wandernder Ninja und Söldner in einer fiktionalisierten Version des feudalen Japans. Er ist ein herrenloser Samurai oder Ronin, der seine Fähigkeiten verkauft, aber nach seinem eigenen moralischen Kodex lebt. Jubei ist ein ehemaliger Agent der Tokugawa-Regierung, eine Vergangenheit, die eine bedeutende Rolle in seinem jetzigen Leben als einsamer Wanderer spielt.

Im Aussehen ist Jubei ein ziemlich großer, schlanker und muskulöser junger Mann mit kurzem braunem Haar. Er trägt typischerweise einen dunkelgrünen Kimono, der vorne locker offen steht, und einen Strohhut, was ihm das klassische Aussehen eines wandernden Vagabunden verleiht. Sein Auftreten steht im Gegensatz zu seinen tödlichen Fähigkeiten, da er oft locker, fröhlich und sogar sarkastisch ist und Humor einsetzt, um mit anderen in Kontakt zu treten. Unter dieser entspannten Fassade besitzt er jedoch ein starkes Ehrgefühl und eine feste moralische Grundlage. Er hat eine tiefe Abneigung gegen Menschen, die wenig von ihrem eigenen Wert halten oder sich selbst als entbehrlich betrachten. Er handelt nach seinen eigenen Prinzipien; während er behauptet, nur für Geld zu arbeiten, ist er bereit, weit weniger zu akzeptieren, als ein Auftrag wert ist, wenn es bedeutet, denen zu helfen, die in größerer Not sind.

Jubeis Hauptmotivation ist das Überleben, aber sein Weg wird ständig von der Notwendigkeit geprägt, Bedrohungen zu konfrontieren, die aus seiner Vergangenheit erwachsen. Er wird von einem pragmatischen Wunsch getrieben, diejenigen aufzuhalten, die die Welt ins Chaos stürzen würden, einschließlich seines alten Feindes Genma Himuro, der eine Gruppe dämonischer Ninja anführt, die als die Acht Teufel von Kimon bekannt sind. Seine Reise ist nicht von großen Ambitionen geprägt, sondern von einem erfahrenen Krieger, der aufgrund einer Vergiftung durch einen Regierungsspion in Konflikte gezwungen wird und keine andere Wahl hat, als für das Gegengift zu kämpfen. Seine Rolle in der Geschichte ist die des klassischen widerwilligen Helden. Er ist eine einsame Figur, die in größere Verschwörungen verwickelt wird und seine rein menschlichen Fähigkeiten gegen übernatürliche Feinde einsetzt. Er wird oft damit beauftragt, andere zu beschützen, wie die Ninja Kagero, oder mächtige Relikte zu bergen.

Seine wichtigsten Beziehungen sind durch Kontrast und Notwendigkeit geprägt. Seine Dynamik mit dem älteren Regierungsspion Dakuan ist von gegenseitigem Misstrauen und Verdruss geprägt; Dakuan setzt rücksichtslose und manipulative Taktiken ein, die mit Jubeis Moralvorstellungen kollidieren, obwohl sie gezwungen sind, zusammenzuarbeiten. Seine Beziehung zu Kagero ist komplexer. Während er mit ihr flirtet, behandelt er sie auch mit einem Respekt, den andere nicht zeigen, und ermahnt sie ständig wegen ihrer rücksichtslosen Missachtung ihres eigenen Lebens. Als er vergiftet wird und die einzige Heilung der Geschlechtsverkehr mit Kagero ist, weigert er sich, sie auszunutzen, und wählt lieber den Tod, als seine Ehre zu gefährden.

Im Laufe der Geschichte entwickelt sich Jubei von einem distanzierten Söldner zu jemandem, der die Last des Schutzes der Schwachen akzeptiert. Sein grundlegendes Wesen bleibt jedoch das eines Einzelgängers, der dazu bestimmt ist, seinen eigenen Weg zu gehen und weiterzuwandern. Als Kämpfer hat Jubei keine eigenen übernatürlichen Kräfte. Stattdessen verlässt er sich auf seine unglaublichen Fähigkeiten als Meisterschwertkämpfer, seine körperliche Stärke und seinen scharfen Verstand. Da er stets von Feinden mit dämonischen Fähigkeiten übertroffen wird, ist sein Kampfansatz von Pragmatismus geprägt. Er ist gerissen, wahrnehmungsfähig und einfallsreich und sucht stets, eine spezifische Schwäche des Feindes auszunutzen oder deren eigene Stärken gegen sie zu wenden.

Seine bemerkenswerteste Fähigkeit ist seine Geschwindigkeit und Schwertkunst. Er kann sein Katana mit solch unglaublicher Geschwindigkeit führen, dass er eine Vakuumklinge oder einen Luftschlag erzeugt, der es ihm ermöglicht, entfernte Feinde zu schneiden. Neben seiner Klinge umfassen seine Waffen einen versteckten Wurfdolch und ein Stück Draht, das an seinem Schwert befestigt ist und das er zum Zurückholen, zum Fangen von Feinden und sogar zum Würgen von Gegnern verwendet. Seine körperlichen Fähigkeiten sind übermenschlich; er besitzt immense Stärke, die es ihm erlaubt, mehrere Männer zu überwältigen oder der Kraft eines Riesen standzuhalten, und seine Widerstandsfähigkeit ermöglicht es ihm, massive Explosionen, tödliche Gifte und tödliche Schwertwunden zu überstehen, die einen normalen Menschen fällen würden. Letztendlich ist Jubeis größte Waffe sein taktisches Genie. Er ist in der Lage, eine Situation schnell zu analysieren und unorthodoxe Strategien spontan zu entwickeln, wobei er das Gelände und die Umgebung nutzt, um unmögliche Widrigkeiten zu überwinden.