Dr. Naoko Akagi war die leitende Wissenschaftlerin der Forschungsorganisation Gehirn, dem Vorgänger der Spezialbehörde Nerv. Als brillante und ehrgeizige Forscherin war ihre bedeutendste Errungenschaft die Entwicklung des Magi-Supercomputersystems. Dieses System bestand nicht nur aus fortschrittlicher Hardware; Naoko programmierte es mit einer Kopie ihrer eigenen psychologischen Muster und schuf so drei unterschiedliche Persönlichkeitskerne. Sie glaubte, dass diese drei Kerne die grundlegenden Aspekte ihrer Identität repräsentierten: Melchior verkörperte ihre Natur als Wissenschaftlerin, Balthasar als Mutter und Casper als Frau.

Neben ihrer Arbeit an den Magi war Naoko auch eine Schlüsselfigur im Evangelion-Projekt und arbeitete eng mit Gendo Ikari an der Entwicklung der riesigen biologischen Mechas, die die Menschheit verteidigen sollten. Ihr Berufsleben war eng mit ihren persönlichen Beziehungen verflochten, was ihren Charakter und ihr tragisches Schicksal maßgeblich prägte. Ihre Beziehung zu ihrer Tochter Ritsuko Akagi war gutmütig, aber emotional distanziert. Naoko selbst räumte dieses Versagen ein und gab zu, dass sie Ritsuko lange Zeit allein ließ und nur dann als Mutter handelte, wenn es ihr passte. Sie führte Ritsukos spätere Schwierigkeiten mit Männern auf diese Erziehung zurück, doch trotz ihres Bewusstseins für diese Fehler zeigte sie keine Anzeichen, ihr Verhalten ändern zu wollen.

Naokos Beziehung zu Gendo Ikari erwies sich als ihre dominierende Motivation und ihr letztendliches Verderben. Nach dem mysteriösen Verschwinden von Gendos Frau Yui Ikari ließ sie sich sexuell auf ihn ein. Die Beziehung war jedoch unausgeglichen und manipulativ, wobei Gendo Naoko offenbar für ihr wissenschaftliches Genie ausnutzte. Naoko schien zu akzeptieren, dass Gendo Yui nicht vergessen konnte und dass er wahrscheinlich nie eine tiefe Bindung zu ihr aufbauen würde, dennoch blieb sie ihm treu. Der fragile Frieden dieser Vereinbarung wurde durch die erste Rei Ayanami zerstört, ein mysteriöses junges Mädchen, das Yui ähnelte. Das Kind teilte Naoko mit, dass Gendo sie als „alte Schachtel“ bezeichnete, die für ihn nicht mehr nützlich sei. Ob die grausame Bemerkung oder das Gesicht ihrer Rivalin in der Liebe, das über Reis Züge gelegt war, der endgültige Auslöser war – Naoko geriet in Wut und erwürgte das Mädchen. Unmittelbar nach dieser Tat stürzte Naoko von der Spitze des Central-Dogma-Hauptquartiers auf die Magi-Computer darunter, ein Akt, der stark als Selbstmord angedeutet wird.

In der Erzählung ist Naokos Rolle weitgehend die einer tragischen Hintergrundfigur, deren Vermächtnis die Hauptereignisse heimsucht. Ihr Tod war ein entscheidendes Ereignis, das vor der Hauptserie stattfand, aber ihr Einfluss bleibt durch das Magi-System bestehen, das das Rückgrat der Nerv-Infrastruktur bildet. Dieser Einfluss ist am stärksten durch ihre Tochter Ritsuko spürbar, die die Position ihrer Mutter und deren verhängnisvolle emotionale Verstrickung mit Gendo erbt. Der Kreislauf des Verrats wiederholt sich, als Ritsuko entdeckt, dass Gendo auch sie ausgenutzt hat. Der Höhepunkt dieses Vermächtnisses tritt ein, als Ritsuko versucht, die Selbstzerstörung des Magi-Systems auszulösen, um Gendos Pläne zu vereiteln. Der Casper-Kern, der Naokos Identität als Frau repräsentiert, hebt den Befehl auf und entscheidet sich dafür, Gendos Ambitionen zu schützen, anstatt ihre eigene Tochter zu rächen. Diese letzte Handlung zeigt, dass Naokos emotionale Muster, insbesondere ihre komplexen Gefühle für Gendo, so stark waren, dass sie ihren Tod überdauerten und weiterhin die Handlungen ihrer eigenen Schöpfung bestimmten. Ihre primäre Fähigkeit war ihr außergewöhnliches Genie in Bereichen wie Biotechnologie und Informatik, das es ihr ermöglichte, die Magi zu erschaffen – eine technische Meisterleistung, die den drei widersprüchlichen Säulen ihrer Persönlichkeit im Wesentlichen eine Form digitaler Unsterblichkeit verlieh.