Gendo Ikari, ursprünglich unter dem Nachnamen Rokubungi geboren, dient als Oberbefehlshaber der Spezialagentur Nerv im Neon Genesis Evangelion-Franchise, einschließlich seines Auftritts in Death & Rebirth. Während seiner Studienzeit war er ein einsamer und geplagter Mensch mit schlechtem Ruf, bis er Yui Ikari traf, eine brillante Forscherin, die seine Frau wurde und für die er ihren Nachnamen annahm. Nach dem scheinbaren Tod von Yui während eines fehlgeschlagenen Experiments mit Evangelion-Einheit-01 wurde Gendo von Trauer verzehrt und durchlief einen tiefgreifenden Persönlichkeitswandel, der ihn in eine kalte, berechnende und emotional distanzierte Figur verwandelte. Seine treibende Motivation ist ein obsessives Verlangen, seine verlorene Frau wiederzusehen, ein Ziel, das er durch das geheime Human Instrumentality Project verfolgt, selbst wenn dies bedeutet, die Pläne seiner Vorgesetzten in der geheimen Organisation Seele zu untergraben.

Was die Persönlichkeit betrifft, ist Gendo durch seine pragmatische und manipulative Natur gekennzeichnet; er benutzt Menschen als Werkzeuge, um seine eigenen Ziele zu verfolgen, ohne Rücksicht auf ihr emotionales Wohlbefinden. Er ist ein brillanter Wissenschaftler und ein Meisterstratege, der stets mit seinen charakteristischen orangefarbenen Gläsern und Handschuhen gesehen wird, die er selten ablegt. Die Handschuhe dienen dazu, schwere Verbrennungsnarben an seinen Händen zu verbergen, die er bei der Rettung von Rei Ayanami aus einem defekten Eva erlitt, sowie den Embryo des ersten Engels, Adam, zu verstecken, der in seine Handfläche implantiert ist. Er zeigt eine deutliche Missachtung von Autorität und sozialer Hierarchie, trägt oft seine Uniform offen und handelt offen gegen Seele-Anweisungen, um seine eigene Version von Instrumentality zu erreichen.

In der Geschichte hat Gendo die Position der obersten Autorität bei Nerv inne und ist für die Koordinierung der Verteidigung von Tokyo-3 gegen die Engel mithilfe der Evangelion-Einheiten verantwortlich. Trotz dieser Rolle sind seine Handlungen stets auf sein persönliches Ziel einer gottähnlichen Wiedervereinigung mit Yui ausgerichtet, was zu gewaltsamen Auseinandersetzungen mit Seele führt, sobald die Engel-Bedrohung neutralisiert ist. Seine bedeutendste Beziehung ist die zu seinem Sohn Shinji Ikari, den er als kleines Kind verließ und später rief, um Evangelion-Einheit-01 zu pilotieren, ohne jegliche väterliche Wärme zu zeigen. Diese Vernachlässigung rührt von Gendos tiefsitzender Angst her, dass er seinem Sohn nur Schmerz zufügen würde, ein Glaube, der ironischerweise Shinjis eigenen Selbsthass und seine Angst vor zwischenmenschlichen Beziehungen widerspiegelt. Er teilt eine komplexe Dynamik mit Rei Ayanami, einem Klon, der aus Yuis DNA erschaffen wurde und die Seele von Lilith enthält; er zeigt ihr ein Maß an Besorgnis und väterlicher Fürsorge, das er seinem eigenen Sohn verweigert, obwohl diese Beziehung letztendlich zerbricht. Gendo nutzt auch die romantischen Gefühle der brillanten Wissenschaftlerinnen Naoko Akagi und ihrer Tochter Ritsuko Akagi aus, indem er Affären mit beiden hat, nur um ihr Fachwissen für seine Pläne zu sichern, und sie ohne echte Zuneigung fallen lässt.

Gendos Entwicklung im Laufe der Erzählung offenbart einen Mann, dessen Liebe zu Yui, so aufrichtig sie auch ist, ihn auf einen Weg tiefgreifender moralischer Kompromisse und Isolation führt. In den Höhepunktereignissen von The End of Evangelion, das die in Death & Rebirth aufgebaute Geschichte abschließt, scheitert sein Plan, Adam mit Rei zu verschmelzen, um Instrumentality zu kontrollieren, als Rei ihn zurückweist und sich stattdessen dafür entscheidet, sich mit Lilith zu verbünden. Während der daraus resultierenden Apokalypse erlebt Gendo einen Moment tiefgreifender Verletzlichkeit und Reue, erkennt sein Versagen als Vater an und entschuldigt sich bei Shinji, bevor er von einer Manifestation von Eva-Einheit-01 verschlungen wird. Diese letzte Szene offenbart, dass er unter seiner rücksichtslosen Fassade ein zutiefst beschädigter Mensch war, der letztlich Angst davor hatte, anderen nahe zu sein, und unfähig war, den Kreislauf des Schmerzes zu durchbrechen, den er aufrechterhielt. Was die Fähigkeiten betrifft, ist Gendo kein Kämpfer wie die Kinder-Piloten, aber seine Stärke liegt in seiner immensen Intelligenz, politischen Gerissenheit und wissenschaftlichen Kenntnissen, die es ihm ermöglichen, komplexe globale Verschwörungen zu orchestrieren. Seine physischen Fähigkeiten werden durch die Verschmelzung von Adams Embryo mit seiner Hand verstärkt, was ihm Fähigkeiten in Bezug auf die Engel verleiht und ein Schlüsselelement seiner Strategie ist, seine eigene Version des Third Impact einzuleiten.