Conan Edogawa ist die öffentliche Identität von Shinichi Kudo, einem siebzehnjährigen Schüler der Teitan High School, der bereits als brillanter junger Detektiv bekannt war und oft als Retter der Polizei bezeichnet wurde, da er viele schwierige Fälle löste, an denen Profis scheiterten. Sein Leben ändert sich drastisch, nachdem er einen verdächtigen Handel zwischen Mitgliedern einer mysteriösen kriminellen Organisation, bekannt als die Schwarze Organisation, beobachtet. Um ihn auszuschalten, zwingen sie ihn, ein experimentelles Gift namens APTX 4869 einzunehmen. Anstatt ihn jedoch zu töten, bewirkt eine seltene Nebenwirkung, dass sein Körper auf die Größe eines kleinen Kindes schrumpft. Um sich und die Menschen, die ihm wichtig sind, vor der Organisation zu schützen, nimmt Shinichi den Decknamen Conan Edogawa an, einen Namen, der von den Mystery-Autoren Arthur Conan Doyle und Edogawa Ranpo inspiriert ist.

Als Shinichi ist seine Persönlichkeit geprägt von außergewöhnlicher Intelligenz, einem scharfen, beobachtenden Wesen und einer tief verwurzelten Leidenschaft für Mystery-Romane, die stark von seinem Vater, einem berühmten Mystery-Autor, beeinflusst wird. Vor seiner Verwandlung konnte er etwas arrogant sein und genoss die Aufmerksamkeit, die ihm seine Detektivarbeit einbrachte. Jetzt, als Conan lebend, muss er seine wahre Persönlichkeit unterdrücken und so tun, als wäre er ein gewöhnlicher Erstklässler, indem er kindisch spricht und Anreden wie Nee-chan verwendet, wenn er sich an seine Kindheitsfreundin Ran Mouri wendet. Trotz seiner Bemühungen entgleiten ihm während Ermittlungen oft seine fortgeschrittene Logik und sein umfangreiches Wissen, was ihn dazu zwingt, Ausreden zu erfinden, dass er solche Dinge im Fernsehen oder vom verschwundenen Shinichi Kudo gelernt habe. Während seine körperliche Stärke die eines Kindes ist, bleiben sein Intellekt und seine deduktiven Fähigkeiten vollständig intakt.

Conans Hauptmotivation ist es, die Schwarze Organisation zu jagen und einen Weg zu finden, ein Gegenmittel für das Gift APTX 4869 zu erhalten, um in seinen ursprünglichen Körper zurückzukehren. Um diese Suche zu unterstützen, nutzt er seine Detektivfähigkeiten, um Fälle im Namen seines Betreuers, des tollpatschigen Privatdetektivs Kogoro Mouri, zu lösen. Mit einer stimmverändernden Fliege und einer Betäubungsuhr schläfert Conan Kogoro ein und löst Fälle in dessen Stimme, wodurch die berühmte Persönlichkeit des Schlafenden Kogoro entsteht, in der Hoffnung, dass ein großer Fall zu einem Hinweis auf die Organisation führt. In seinem täglichen Leben balanciert er diese Mission mit den Herausforderungen der Grundschule aus, wo er ein inoffizielles Mitglied der Detective Boys ist, einer Gruppe junger Klassenkameraden, die gerne Rätsel lösen.

Die bedeutendste Beziehung in seinem Leben ist die zu Ran Mouri, seiner Kindheitsfreundin und Liebesinteresse. Als Conan mit Ran und ihrem Vater zu leben, führt zu zahlreichen peinlichen Situationen, besonders wenn sie ihre Gefühle für den abwesenden Shinichi ausdrückt oder wenn die enge Wohnsituation zu unangenehmen Momenten führt. Mehrere Schlüsselpersonen kennen Conans wahre Identität. Professor Hiroshi Agasa, der erfinderische Nachbar der Familie, ist sein wichtigster Vertrauter und Schöpfer der Gadgets, die es Conan ermöglichen, als Detektiv zu fungieren. Heiji Hattori, ein Detektivrivale aus Osaka, durchschaut Conans Geheimnis und wird zu einem engen Verbündeten. Ai Haibara, ein ehemaliges Mitglied der Schwarzen Organisation, das ebenfalls nach der Einnahme desselben Giftes geschrumpft ist, teilt sein Schicksal und unterstützt ihn, wobei sie oft als logische und etwas sarkastische Partnerin fungiert. Seine Eltern, Yusaku und Yukiko Kudo, sind von Anfang an über seine Situation informiert.

Während seiner Zeit als Conan macht Shinichi eine bemerkenswerte Entwicklung durch. Seine erzwungene Anonymität demütigt ihn und mildert die Arroganz, die er als berühmter Detektiv zeigte. Er lernt, sich auf andere zu verlassen, einschließlich der Detective Boys und seiner erwachsenen Verbündeten, anstatt völlig allein zu arbeiten. Seine Verzweiflung, seinen ursprünglichen Körper zurückzuerlangen und Ran vor den Gefahren der Schwarzen Organisation zu schützen, vertieft seine Entschlossenheit und sein Verantwortungsbewusstsein.

Conan verfügt über eine breite Palette bemerkenswerter Fähigkeiten, die von seinem ursprünglichen Selbst stammen. Seine bemerkenswerteste Fähigkeit ist sein geniales deduktives Denken und sein fotografisches Gedächtnis, das es ihm ermöglicht, winzige Details von Tatorten zu bemerken und sich daran zu erinnern, die andere übersehen. Er ist ein extrem geschickter Fußballspieler, was er nutzt, um seine Reflexe zu schärfen. Um seinen kindlichen Körper zu kompensieren, verwendet er Professor Agasas kraftverstärkende Kick-Schuhe, die es ihm ermöglichen, präzise, kraftvolle Tritte mit jedem verfügbaren Gegenstand, oft einem Fußball, auszuführen, um Verbrecher zu überwältigen. Er ist auch mit anderen Gadgets vertraut, darunter ein solarbetriebenes Skateboard und eine Betäubungsuhr. Trotz seiner hohen Intelligenz und seines perfekten Gehörs für Musik ist er berühmt dafür, nicht in der Lage zu sein, im richtigen Ton zu singen.