Naoto Miura ist ein zentraler Protagonist in Clockwork Planet. Er ist ein Oberschüler, der im Grid: Kyoto lebt und eine außergewöhnliche, geradezu besessene Leidenschaft für Uhrwerksmechanik besitzt, die so weit geht, dass man ihn als Maschinenfanatiker beschreibt. Diese tiefe Faszination hebt ihn schon früh von seinen Altersgenossen ab und führt zu häufigen Mobbingattacken in der Schule, auf die er mit einer distanzierten Belustigung reagiert. Naoto bevorzugt offen Automaten gegenüber Menschen und schätzt die Präzision und Beständigkeit mechanischer Schöpfungen mehr als das, was er als fehlerhafte und vergängliche Natur der Menschheit ansieht. Er bezeichnet Menschen oft als Fleischsäcke und zeigt eine allgemeine Verachtung für menschliche Belange, ein Wesenszug, der anfangs zu Spannungen mit anderen Figuren führt.

Naotos prägendstes Merkmal ist sein übermenschliches Gehör, das es ihm ermöglicht, selbst die leisesten Geräusche wahrzunehmen und die inneren Abläufe jedes Uhrwerks präzise zu diagnostizieren. Er ist gezwungen, ständig geräuschunterdrückende Kopfhörer zu tragen, um die überwältigende Flut an auditiven Informationen zu bewältigen. Diese Fähigkeit bildet den Kern seiner Rolle in der Geschichte, da er den defekten Automaten RyuZU in nur drei Stunden reparieren kann – eine Leistung, die der renommierten Familie Breguet über zwei Jahrhunderte hinweg unmöglich war. Sein Gehör befähigt ihn zudem, innerhalb von Sekunden die genauen Störungen im massiven Kyoto Core Tower zu identifizieren, eine Aufgabe, an der die gesamte Meistergilde tagelang gescheitert war. Dieses intuitive, fast instinktive Verständnis von Uhrwerken übertrifft konventionelles technisches Wissen, und Marie Bell Breguet erkennt später an, dass allein sein Gehör ihn zu einem genialen Mechaniker gemacht hätte.

Unter seiner ruhigen und unerschütterlichen Fassade verbirgt Naoto eine dunklere Seite, die immer dann zum Vorschein kommt, wenn Maschinen oder Automaten zu Schaden kommen. In solchen Situationen wird er von einer kalten, rachsüchtigen Blutgier erfasst, da er glaubt, dass Menschen stets die Konsequenzen ihres Handelns tragen müssen – ein Prinzip, das er sogar auf sich selbst anwendet. Diese Veranlagung macht ihn zu einem gefährlichen Gegner, wird jedoch durch eine unerschütterliche Entschlossenheit und einen unkonventionellen, kreativen Problemlösungsansatz ausgeglichen, der oft Lösungen hervorbringt, die andere für unmöglich halten. Trotz seines brillanten Verstands bleibt Naoto körperlich menschlich und verletzlich; ihm fehlt Kampftraining, und er ist anfällig für konventionelle Bedrohungen wie Scharfschützen – eine Schwäche, die von Feinden ausgenutzt wird, um seine Verbündeten zur Unterwerfung zu zwingen.

Naotos Motivationen wurzeln in seiner Loyalität gegenüber Automaten, insbesondere RyuZU, mit der er eine außergewöhnlich tiefe Bindung eingeht. Er wird ihr Meister, nachdem er sie reaktiviert hat, und stellt ihr Wohlergehen stets über sein eigenes, indem er ihr sogar befiehlt, ihn zurückzulassen, um sich selbst zu retten. Diese Beziehung entwickelt sich romantisch und gipfelt darin, dass er ihr einen Heiratsantrag macht. Seine anfängliche Verachtung für Marie Bell Breguet wandelt sich in widerwilligen Respekt für ihre Fähigkeiten als Uhrmacherin, auch wenn er sie weiterhin als Rivalin behandelt und ihr oft aus eigener Belustigung widerspricht. Vainney Halter fungiert als eine Art Führungsfigur, die weiß, wie man Naoto bei Bedarf zum Handeln bewegt. Im Verlauf der Geschichte wandelt sich Naoto von einem gemobbten, isolierten Schüler zu einem der beiden Anführer der Organisation Second Upsilon und wird zu einer Schlüsselfigur im Kampf gegen Regierungskorruption und für die Verhinderung der Zerstörung des Uhrwerkplaneten. Sein Weg ist geprägt von wachsender Entschlossenheit und Verantwortung, angetrieben von dem Wunsch, die mechanische Welt, die er liebt, zu beschützen, während er allmählich tiefere Verbindungen zu den Menschen um ihn herum aufbaut.