Naoto Ijūin ist ein siebzehnjähriges Mitglied des Crasher Squad, der Elite-Erdverteidigungseinheit, die unter dem Kommando von Commander Ōtsuka operiert. Er fungiert als Waffenbediener des großen Weltraumjägers der Einheit, des Cosmo Crusher. Zu Beginn der Geschichte ist Naoto dem Protagonisten Takeru Myōjin gegenüber offen feindselig eingestellt. Er misstraut Takeru aufgrund von dessen geheimer Identität als Außerirdischer vom Planeten Gishin und sucht häufig Streit mit ihm. Trotz seiner schroffen und sarkastischen Art hat Naoto ein starkes Loyalitätsgefühl gegenüber seinen Kameraden und den aufrichtigen Wunsch, die Erde zu beschützen. Im Laufe der Zeit ist er von Takerus selbstlosem Einsatz für die Verteidigung anderer beeindruckt, und die beiden entwickeln eine solide Freundschaft, die auf gegenseitigem Respekt basiert. Im Verlauf der Serie, insbesondere während des Earth-Arcs, übernimmt Naoto eine größere Rolle als Hauptpilot des Cosmo Crusher, wenn der Squad-Leader Kenji Asuka zunehmend anderswo eingesetzt wird. Naotos Charakter ist geprägt von anfänglichem Misstrauen und Abwehrhaltung, die allmählich Vertrauen und Kameradschaft weichen. Er ist ein erfahrener Pilot und Schütze, und sein Mut wächst mit seiner zunehmenden Hingabe zum Team und zu Takeru. Sein Charakterdesign war ursprünglich ein verworfener Konzeptentwurf für Takeru, und er bleibt ein treuer Verbündeter in den verschiedenen Konflikten mit dem Gishin-Imperium, dem Marmelo-System und der finalen Konfrontation mit Kaiser Zul.