Conan Edogawa ist das kindliche Pseudonym von Shinichi Kudo, einem brillanten Oberschuldetektiv, dessen Körper durch ein mysteriöses Gift geschrumpft wurde. Zum Zeitpunkt der Ereignisse in Der Wolkenkratzer mit Zeitbombe lebt er bereits seit unbestimmter Zeit bei seiner Jugendfreundin Ran Mouri und ihrem Vater, dem tollpatschigen Privatdetektiv Kogoro Mouri. Obwohl er wie ein normaler Erstklässler aussieht, der die Teitan-Grundschule besucht, ist sein Geist immer noch der eines siebzehnjährigen Genies. Er bewahrt diese Geheimidentität, um die ihm Nahestehenden vor der kriminellen Organisation zu schützen, die ihn vergiftet hat; nur der exzentrische Erfinder Dr. Hiroshi Agasa kennt die Wahrheit.

Shinichi Kudo ist in seiner ursprünglichen Gestalt ein selbstbewusster und berühmt scharfsinniger Teenager, bekannt als der große Detektiv des Ostens. Als Conan muss er seine wahre Persönlichkeit unterdrücken und tut oft so, als sei er ein unschuldiges und einfältiges Kind, um keinen Verdacht zu erregen. Unter dieser Fassade bewahrt er jedoch seinen scharfen, analytischen und etwas überheblichen Charakter, angetrieben von einer intensiven Leidenschaft für Deduktion und einem tief verwurzelten Gerechtigkeitssinn. Er ist ein glühender Fan von Sherlock Holmes, was seinen obsessiven Drang nährt, jedes Rätsel zu lösen, dem er begegnet. Obwohl er arrogant oder direkt wirken kann, besonders gegenüber Kogoros Inkompetenz, rührt dies von seiner Frustration, keine Anerkennung für seine eigene Arbeit erhalten zu können, und seiner Gewissheit in seinen logischen Schlussfolgerungen. Seine größte Verwundbarkeit ist Ran Mouri. Er hegt tiefe romantische Gefühle für sie, kann aber seine Identität nicht preisgeben, was zu Momenten sichtbaren emotionalen Konflikts führt.

In Der Wolkenkratzer mit Zeitbombe ist Conans Hauptmotivation, die Menschen in Tokio vor einem mysteriösen Bombenleger zu schützen. Der Fall wird äußerst persönlich, als der Verbrecher, der Architekt Teiji Moriya, Shinichi Kudo direkt herausfordert. Conan ist gezwungen, als Vermittler zu agieren, indem er seine stimmverändernde Fliege benutzt, um Shinichi am Telefon zu imitieren, während er die Bombendrohungen physisch als Kind untersucht. Er wird von dem Bedürfnis angetrieben, unschuldige Leben zu retten, aber sein Fokus verengt sich erheblich, als Ran im gefährlichen, von Moriya entworfenen Wolkenkratzer eingeschlossen wird. Der Film erforscht seinen Kampf, die Krise zu bewältigen, während er seine Doppelidentität vor Ran geheim hält, die gleichzeitig darauf wartet, dass Shinichi sie an seinem Geburtstag zu einem Kinodate trifft.

Seine wichtigsten Beziehungen sind zentral für den emotionalen Kern der Geschichte. Dr. Hiroshi Agasa dient ihm als Vertrauter und technischer Unterstützer und versorgt ihn mit den Geräten, die er braucht, um als Geheimdetektiv zu fungieren. Seine Beziehung zu Kogoro Mouri ist eine des widerwilligen Zusammenlebens; Conan löst heimlich die Fälle, die Kogoro als „schlafenden Kogoro“ berühmt machen, indem er ihn betäubt und mit seiner stimmverändernden Fliege seine Stimme imitiert. Seine wichtigste Beziehung ist jedoch die zu Ran Mouri. Sie sorgt sich um Conan als Kind, ohne zu wissen, dass er ihre vermisste Liebe Shinichi ist. Im Laufe des Films benutzt Conan die stimmverändernde Fliege, um als Shinichi mit Ran zu sprechen, um sie zu beschützen und aus der Ferne zu leiten. Dies schafft eine ergreifende Dynamik, in der er körperlich als Kind anwesend ist, aber emotional als Teenager verbunden, was in einer Szene gipfelt, in der er gezwungen ist, sie durch die Entschärfung einer Bombe zu führen, während sie durch eine eingestürzte Wand getrennt sind.

Die Ereignisse dieses Films heben mehrere von Conans bemerkenswerten Fähigkeiten hervor. Seine herausragendste Fähigkeit ist seine geniale Intelligenz und deduktive Denkfähigkeit, die es ihm ermöglicht, die Muster des Bombenlegers schnell zu analysieren, komplexe Rätsel zu lösen und versteckte Sprengstoffe zu lokalisieren. Er ist auch äußerst einfallsreich und besitzt eine Vielzahl von Geräten, die von Dr. Agasa erfunden wurden. Er benutzt seine stimmverändernde Fliege, um Shinichi, Inspektor Megure und Rans Vater zu imitieren. Seine kraftverstärkenden Tret-Schuhe erlauben es ihm, die Kraft eines Tritts zu verstärken, den er nutzt, um ein mit Bomben beladenes ferngesteuertes Flugzeug zu zerstören, indem er einen Controller darauf tritt. Er verlässt sich auch auf sein solarbetriebenes Turbo-Skateboard für Hochgeschwindigkeitsverfolgungsjagden und die Fortbewegung durch die Stadt, und seine Betäubungspistolen-Armbanduhr wird verwendet, um Kogoro zu betäuben. Neben den Geräten werden auch seine körperliche Beweglichkeit und seine Fußballfähigkeiten wiederholt gezeigt.

In Bezug auf die persönliche Entwicklung zeigt Der Wolkenkratzer mit Zeitbombe nicht, dass Conan bedeutende Fortschritte in Richtung seines übergeordneten Ziels, die Schwarze Organisation zu finden, macht. Stattdessen konzentriert sich der Charakterbogen auf die emotionalen Grenzen seiner Doppelexistenz. Er ist gezwungen, sich der Hilflosigkeit zu stellen, in einer lebensbedrohlichen Situation in einem Kinderkörper gefangen zu sein. Der Höhepunkt, an dem er eine panische Ran nur über eine kaputte provisorische Telefonleitung anleiten kann, während eine Wand sie trennt, ist ein Moment intensiver Verletzlichkeit für ihn. Sein übliches Selbstvertrauen weicht einem seltenen Eingeständnis von Angst, als er ihr sagt, dass sie zusammen sterben werden. Seine Entwicklung ist subtil und bekräftigt sein Engagement, Ran um jeden Preis zu beschützen, und hebt die tragische Ironie hervor, dass er direkt neben ihr ist, aber völlig unfähig, sich zu offenbaren. Der Film zeigt, dass selbst sein unvergleichlicher Intellekt Grenzen hat angesichts der chaotischen und emotionalen Natur einer Echtzeitkrise.