Jin Kusanagi ist eine bedeutende Figur in der Erzählung, vor allem bekannt als der jüngere Bruder von Shoichi Kusanagi. Seine Rolle ist eng mit der traumatischen Vergangenheit verbunden, die einen Großteil des Konflikts der Geschichte antreibt.

Zehn Jahre vor den Hauptereignissen war Jin eines von mehreren Kindern, darunter der Protagonist Yusaku Fujiki, die für einen Vorfall entführt wurden, der als Hanoi-Projekt oder der Verlorene Vorfall bekannt ist. Während dieser Zeit wurden die Kinder intensiven Experimenten mit Duellen ausgesetzt, die zur Erschaffung künstlicher Intelligenzen namens Ignis verwendet wurden. Der Ignis, der nach Jins eigenen Daten modelliert wurde, heißt Lightning. Die Erfahrung hinterließ bei Jin tiefe psychische Narben. Laut Yusaku entwickelte Jin durch das Erlebnis eine schwere posttraumatische Belastungsstörung. Vor der Entführung war er ein fröhliches und aufgeschlossenes Kind, aber danach wurde er zurückgezogen, reserviert und verschloss sein Herz vor der Welt. Er erscheint oft mit einem ausdruckslosen, stumpfen Gesichtsausdruck und hat Schwierigkeiten zu kommunizieren, selbst mit seinem hingebungsvollen älteren Bruder.

Jins Zustand ist die Hauptmotivation sowohl für seinen Bruder als auch für Yusaku. Shoichi gab seine sportlichen Ambitionen auf, um Hacking zu lernen, in der Hoffnung, die Wahrheit über den Vorfall aufzudecken und einen Weg zu finden, Jin zu helfen. Ebenso ist Yusakus Suche nach Rache an den Rittern von Hanoi mit dem Wunsch verbunden, Jin aus der Dunkelheit zu retten, die ihn noch immer gefangen hält.

Für einen Großteil der Geschichte ist Jin eine stille, abwesende Präsenz, die häufig erwähnt wird, aber nur in kurzen Rückblenden oder an seinem Krankenbett zu sehen ist, wo er sich erholt. Seine Situation wird kritisch, als seine Bewusstseinsdaten von einem Wesen namens Bohman gestohlen werden, was dazu führt, dass er in der realen Welt ins Koma fällt. Dieser Akt zwingt seinen Bruder zu drastischen Maßnahmen, indem er sich seinem Verbündeten Playmaker (Yusaku) in einem Duell unter der Drohung von Lightning stellt, der Jins Bewusstsein als Geisel hält. In der virtuellen Welt von Link VRAINS wird Jin später von Lightning als unwilliger Stellvertreter benutzt und gezwungen, unter der Kontrolle des Ignis in einem tranceähnlichen Zustand zu duellieren. Sein Avatar in Link VRAINS hat ein anderes Aussehen, mit kürzerem Haar und einem weißen Umhang, der Lightnings Symbol trägt.

Eine entscheidende Entwicklung tritt ein, als Shoichi die volle Wahrheit über Jins Entdeckung aufdeckt, einschließlich der spezifischen Qualen, die Lightning ihm zufügte, um seinen Geist zu brechen. Nachdem sein Bruder diese Informationen preisgibt, zeigt Jin erste Anzeichen der Besserung, indem er mehr mit seiner Familie und den Ärzten spricht. Die Geschichte stellt später fest, dass Lightning einen Teil von Jins eigenem Bewusstsein in eine zusätzliche Lebenspunktquelle umgewandelt hatte, und mit der Entfernung dieser Manipulation verlor Jin seine traumatischen Erinnerungen an den Vorfall, was ihm erlaubte, zu seiner ursprünglichen, fröhlicheren Persönlichkeit zurückzukehren. Seine wichtigsten Beziehungen sind die zu seinem Bruder Shoichi, der als sein unerschütterlicher Beschützer fungiert, und zu Yusaku, einem weiteren Opfer, das Jins Rettung als Teil seiner eigenen Mission betrachtet. Seine bedeutendste und antagonistischste Beziehung ist die zu Lightning, dem Ignis, der aus seinen eigenen Daten geboren wurde und der Jins Trauma nutzte, um zu lernen, wie man anderen Angst einflößt. Jins bemerkenswerte Fähigkeiten sind nicht im traditionellen Sinne duelbezogen; seine Hauptbedeutung liegt darin, der Ursprung des mächtigen Ignis Lightning zu sein, und seine einzigartigen Bewusstseinsdaten werden zu einem begehrten Machtobjekt für den Antagonisten Bohman.