Maki Kitaki ist die Premierministerin in der Welt von FLCL Alternative. Sie ist eine erwachsene Figur in einer Position bedeutender politischer Macht, was sie über die jugendlichen Protagonisten und deren unmittelbare Belange stellt. Ihre Persönlichkeit ist geprägt von einer pragmatischen und abweisenden Haltung, insbesondere wenn sie mit großflächigen, katastrophalen Problemen konfrontiert wird. Als sie von Medical Mechanicas Plan erfährt, riesige Bügel auf der ganzen Erde zu aktivieren – ein Prozess, der den Planeten einebnen würde – zeigt sie wenig Besorgnis über die bevorstehende globale Zerstörung. Anstatt sich auf die Rettung der Welt zu konzentrieren, wird ihre Hauptmotivation die Selbsterhaltung und Flucht. Sie beschließt, die Erde vollständig zu verlassen und stellt ihr eigenes Überleben über das Schicksal der Menschheit.

Im Laufe der Geschichte dient Kitaki als eine Figur hoher Autorität, die sich der monumentalen Bedrohung durch Medical Mechanica bewusst ist. Ihre Handlungen beeinflussen die Gesamthandlung, indem sie eine Richtung für einige der menschlichen Charaktere vorgibt. Sie arbeitet mit Tsukata Kanda zusammen, einem weiteren Erwachsenen, der ebenfalls die seltsamen Nadeln untersucht, die in der Stadt auftauchen. In geheimen Treffen besprechen sie Medical Mechanicas Pläne, wobei Kitaki auf ihre eigenen unausgesprochenen Absichten anspielt, was Kanda beunruhigt. Ihre Entscheidung, die Erde zu verlassen, schafft ein Szenario, in dem andere Charaktere alternative Lösungen finden müssen, wie etwa Kandas Plan, NO-Kräfte zu nutzen, um Menschen zum Mars zu transportieren. Ihre wichtigsten Beziehungen bestehen hauptsächlich zu anderen erwachsenen Charakteren, insbesondere zu ihrer geheimen Partnerschaft mit Kanda. Ihre Rolle steht im Gegensatz zu der von Haruko Haruhara, die Kitaki abfällig als ein „Wesen namens Haru-irgendwas“ bezeichnet und Kanda anweist, sich um sie zu kümmern. Während sich die Geschichte auf das emotionale Wachstum der jüngeren Mädchen konzentriert, repräsentiert Kitaki die zynische Reaktion der Erwachsenenwelt auf eine Krise: einen Rückzug vor der Verantwortung. Sie zeigt keine bemerkenswerten übernatürlichen Fähigkeiten; ihre Macht leitet sich von ihrem politischen Amt und der Autorität ab, die es ihr verleiht.