Eiji Hayase ist ein weltweit anerkannter Wissenschaftler und der Vater von Mari Hayase, der Hauptprotagonistin der Geschichte. Er ist außerdem der Ehemann von Akira Hayase und Vater seiner jüngeren Tochter Rika. Eiji zeichnet sich durch eine intensive und leidenschaftliche Hingabe zu seiner wissenschaftlichen Forschung aus, die oft bis zur Besessenheit reicht. Seine überwältigende Neugier treibt ihn dazu, sich übermäßig in seine Studien und Expeditionen zu vertiefen, eine Eigenschaft, die ihn manchmal dazu bringt, seine familiären Pflichten zu vernachlässigen. Zum Beispiel war sein Engagement für seine Arbeit bereits früh in seiner Ehe offensichtlich, als er gleich am Tag nach seiner Hochzeit für einen längeren Zeitraum verschwand.

Dieses Verhaltensmuster setzt das zentrale Geheimnis der Erzählung in Gang. Eiji ist seit drei Jahren vor den Ereignissen des Anime aus dem Leben seiner Familie verschwunden und hat während dieser gesamten Zeit weder seine Frau noch seine Töchter kontaktiert. Vor seinem Verschwinden hinterließ er seiner Tochter ein bedeutendes Artefakt: einen Anhänger, der als Armillarkompass bekannt ist. Dieses Gerät, das mit seiner Zeitreiseforschung verbunden ist, wird zum Schlüssel, der es Mari ermöglicht, in die Vergangenheit zu reisen. Eijis Rolle in der Geschichte ist die der abwesenden, gesuchten Figur. Während Mari durch die Geschichte reist, stellt sie fest, dass ihr Vater in vielen der vergangenen Epochen, die sie besucht, präsent war und Spuren seiner Zeitreise hinterlassen hat. Seine Forschung zur Zeitreise und sein anschließendes Verschwinden sind die Haupttreiber der Handlung.

Über sein wissenschaftliches Genie hinaus wird Eiji als ein Mann dargestellt, der seine Familie trotz seiner physischen und emotionalen Abwesenheit aufrichtig liebt. Diese Liebe zeigt sich in einem entscheidenden Ereignis der Erzählung. Als er erfährt, dass seine Tochter Mari während einer ihrer Reisen in die Vergangenheit vom Antagonisten Jou Mikage gefangen genommen wurde, ergreift Eiji direkte Maßnahmen. Er versucht, sie zu retten, eine Entscheidung, die zu einer Konfrontation mit dem Gefüge der Zeit selbst führt und ein Zeitparadoxon auslöst. Diese Handlung offenbart, dass seine Motivationen nicht rein akademischer Natur sind; wenn eine direkte Bedrohung für sein Kind besteht, überwiegen seine väterlichen Instinkte alle anderen Überlegungen, selbst die Gesetze der Physik. Zu seinen bemerkenswerten Fähigkeiten gehören seine umfangreichen Kenntnisse der Wissenschaft und des Magnetismus, die es ihm ermöglichten, eine Zeitmaschine zu bauen und den Armillarkompass zu erschaffen. Durch seine aufgezeichneten Arbeiten und seine Auftritte in der Vergangenheit dient er Mari als Führer und hilft ihr, die wissenschaftlichen Prinzipien der großen Erfinder zu verstehen, denen sie begegnet, während sie daran arbeitet, das Geheimnis seines Schicksals zu lüften.