Der Protagonist der Serie, Bonobono, ist ein junger Seeotter, der mit seinem Vater am Meer, nahe dem Rand eines Waldes, lebt. Sein Name wurde ihm von seinem Vater gegeben, inspiriert vom Geräusch eines Steins, der ins Meer fällt. Er ist selten ohne eine Muschel in der Hand zu sehen, die er als Notvorrat an Nahrung bei sich trägt – eine Gewohnheit, die das reale Verhalten von Seeottern widerspiegelt, die Steine und Muscheln unter ihren Armen aufbewahren.

In Bezug auf seine Persönlichkeit ist Bonobono durch seine unschuldige, sanfte und warmherzige Natur geprägt. Seine Handlungen sind typischerweise langsam, und seine Art zu sprechen ist oft vage und umständlich, eine Eigenschaft, die er mit seinem Vater teilt. Er besitzt eine einzigartige und neugierige Denkweise, die häufig zum Motor für die Ereignisse der Geschichte wird, wenn er und seine Freunde die einfachen, alltäglichen Rätsel erkunden, die seine Aufmerksamkeit erregen, wie etwa die Natur der Wolken oder der Zweck des Schlafs. Diese Neugier, kombiniert mit seinen langsamen Bewegungen, macht ihn oft zum Ziel der Frustration seines reizbareren Freundes Araiguma.

Obwohl seine Persönlichkeit typischerweise ruhig ist, neigt Bonobono zu kleinen Sorgen, die sich zu wilden, fantasievollen Ängsten auswachsen. Ein regelmäßiges Thema dieser Ängste ist der Höhlenmensch oder Putaway Man, eine furchterregende imaginäre Gestalt, die er sich ausmalt, um ihn für verschiedene wahrgenommene Verfehlungen mit dem Einsperren in einer Höhle zu bedrohen. In den früheren Versionen der Geschichte war es äußerst selten, dass er Wut zeigte, aber im Verlauf der Serie entwickelte sich sein Charakter dahingehend, dass er häufiger Frustration ausdrückt und als Straight Man für die Absurditäten seiner Freunde agiert.

Bonobonos Hauptmotivation ist sein einfacher Wunsch, die Welt um sich herum zu verstehen und sein tägliches Leben sowie seine Freundschaften zu bewältigen. Seine Rolle in der Erzählung ist die eines sanften, neugierigen Beobachters, dessen unschuldige Fragen zu philosophischen und oft humorvollen Erkundungen der kleinen Wahrheiten des Lebens führen. Seine wichtigsten Beziehungen umfassen seinen Vater, der ihn nach dem Tod von Bonobonos Mutter kurz nach seiner Geburt allein großzieht. Er ist eng befreundet mit Shimarisu, einem scheuen und schreckhaften Streifenhörnchen, und Araiguma, einem kurz angebundenen Waschbären, der oft versucht, die anderen beiden in Schach zu halten. Er teilt auch eine Bindung mit Sunadori Neko, einer vernünftigen Fischkatze, die oft als Wissensquelle für die Gruppe dient.

Was bemerkenswerte Fähigkeiten betrifft, ist Bonobono ein starker Schwimmer und Taucher, was für seine Art natürlich ist. Trotz seines allgemein langsamen und sanften Auftretens hat er in Momenten der Not oder verändertem Geisteszustand überraschende Kraftausbrüche gezeigt, etwa als er einmal einen giftigen Pilz aß und aggressiv wurde oder als er allein ein Seil hielt, um zu verhindern, dass sein Vater fiel. Allerdings ist er an Land vergleichsweise langsam und ungeschickt, und er kann bemerkenswerterweise keine Fische fangen, weshalb er für diesen Teil ihrer Ernährung auf seinen Vater angewiesen ist.