Megaman.EXE ist der NetNavi, also der Net Navigator, der Lan Hikari gehört und mit ihm die Rolle des Protagonisten im Anime MegaMan NT Warrior teilt. Er wurde von Dr. Hikari erschaffen und Lan als Geschenk übergeben. Trotz seiner geringen Statur zeigt er von Anfang an bemerkenswerte Fähigkeiten im Kampf und kann sich problemlos gegen größere und stärkere Gegner behaupten. Er ist standhaft, loyal gegenüber seinen Freunden und von einem starken Gerechtigkeitssinn getrieben, kämpft er darum, sowohl die reale Welt als auch die Cyberwelt vor verschiedenen Bedrohungen zu schützen. Er knüpft tiefe Bindungen zu Lan und anderen NetNavis, insbesondere Roll, und entwickelt schnell eine hitzige Rivalität mit Chads Navi, ProtoMan. Im Laufe der Serie bauen er und Lan eine starke Partnerschaft auf und entwickeln schließlich die seltene Fähigkeit der Voll-Synchronisation, einem Zustand, in dem die Gedanken des Operators und des Navis für schnellere Reaktionen verschmelzen. Er erhält eine Vielzahl neuer Kräfte und Verwandlungen, um sich wachsenden Bedrohungen anzupassen, darunter Style Change, das ihm erlaubt, verschiedene elementare Formen anzunehmen; Program Advance, die Kombination von drei Battle Chips zu einem verheerenden Angriff; und Double Soul, das ihm ermöglicht, sich mit einem anderen Navi zu verbinden, um dessen Fähigkeiten zu erlangen. Er erreicht auch Cross Fusion mit Lan, was Lan erlaubt, in der realen Welt mit Megamans Kräften zu kämpfen. Seine Reise führt ihn vom Kampf gegen die kriminelle Organisation World Three bis zur Konfrontation mit stärkeren Feinden wie der Net Mafia Grave, dem mächtigen abtrünnigen Navi Bass und den überirdischen Darkloids. Durch diese Kämpfe erlebt er Niederlage, Löschung und Wiederbelebung, wird jedes Mal stärker und erweist sich als wichtiger Verteidiger der Welt gegen Netzkriminalität.