Isaburō Sasaki ist der ehemalige Kommandant der Mimawarigumi, einer Elite-Polizeitruppe im Dienst des Shogunats, die als Parallele und Rivale zur Shinsengumi dargestellt wird. Als ältester Sohn der angesehenen Familie Sasaki ist er eine Elitefigur, bekannt als das Monster der drei Himmel, mit einem ruhigen und berechnenden Auftreten. Er spricht typischerweise in einem höflichen, respektvollen Ton und wird oft mit halb geschlossenen Augen und einem Monokel über dem rechten Auge gesehen, was ihm ein schwer fassbares und undurchschaubares Aussehen verleiht. Ein auffälliges und ungewöhnliches Merkmal ist seine schwere Handysucht; er registriert zwanghaft seine E-Mail-Adresse auf den Telefonen anderer unter dem Namen Sabuchan, behauptet, wenige Freunde zu haben, und schickt gewohnheitsmäßig lange, nervige Nachrichten, die mit Emoticons aus Promi-Blogs gefüllt sind.

Unter seiner gefassten Fassade wird Sasaki von einem tiefsitzenden Hass auf das korrupte Bakufu und die Tendoshu, die schattenhaften Herrscher des Landes, angetrieben. In der Vergangenheit war er an der Gründung der Rōshi-Gruppe beteiligt, die später zur Shinsengumi wurde, und arbeitete mit Matsudaira Katakuriko zusammen. Allerdings kollaborierte er auch mit den Naraku-Attentätern. Als er ein Attentat der Naraku sabotierte, beeinflusst durch die Anwesenheit von Kondō Isao und der aufkeimenden Shinsengumi, bestraften ihn die Tendoshu, indem sie Attentäter schickten, die seine Frau und Kinder töteten. Diese Tragödie ließ ihn sich selbst für sein Versagen hassen und das Land verabscheuen, das dies ermöglichte. Folglich infiltrierte er die Hitotsubashi-Fraktion und arbeitete mit Figuren wie Takasugi Shinsuke zusammen, um eine Revolution zu entfachen und die Regierung zu stürzen. Zu diesem Zweck holte er die Attentäterin, die für den Tod seiner Familie verantwortlich war, ein Mädchen namens Bakai, aus den Naraku, um sie als sein Werkzeug und seine Assistentin einzusetzen.

Die bedeutendste Beziehung in Sasakis Leben ist die zu Imai Nobume. Er verschonte ihr Leben, nachdem sie Reue für ihre Taten zeigte, und hielt sie in seiner Nähe, gab ihr den Namen, den er für seine eigene verstorbene Tochter vorgesehen hatte. Im Laufe der Geschichte bestreitet er stets, sich um sie zu kümmern, behandelt sie als Werkzeug, aber seine Handlungen offenbaren eine tiefe väterliche Zuneigung. Er vertraut implizit auf ihre Fähigkeiten, ernennt sie zur Vizekommandantin der Mimawarigumi und verwendet Donuts als Belohnung für ihre gute Arbeit. Seine komplexen Gefühle für Nobume werden zentral für seinen Charakterbogen, da er schließlich erkennt, dass er seine verlorene Tochter auf sie projiziert.

Sasakis Rolle in der Geschichte ist hauptsächlich die eines Antagonisten, am bemerkenswertesten als Hauptgegner des Baragaki-Arcs, in dem er darauf hinarbeitet, die Shinsengumi zu zerschlagen. Er blickt auf die Shinsengumi herab, hält sie für arm und inkompetent, beneidet jedoch auch Kondō Isaos Samurai-Lebensstil und gibt zu, dass er nicht gegen sie verlieren wollte. Er entwickelt einen widerwilligen Respekt für ihren Anführer, schützt Kondō sogar, indem er seinen Tod vortäuscht, und wird zu einem vorübergehenden Verbündeten von Hijikata Tōshirō, als die Tendoshu versuchen, sie alle zu eliminieren. Er hat auch eine einzigartige und verspielte antagonistische Beziehung zu Sakata Gintoki, den er als seinen Lieblings-E-Mail-Kumpel betrachtet, und er nutzt Gintokis Einfluss auf Nobume aus und ist gleichzeitig frustriert darüber. Sasaki behandelt seinen Halbbruder Tetsunosuke als wertlos und als Versager der Familie, obwohl er letztendlich sein Leben opfert, um eine Schuld bei ihm zu begleichen.

Im Laufe des Farewell, Shinsengumi-Arc kommen Sasakis wahre Motive ans Licht. Als neu beförderter Kommissar des Polizeiamts führt er einen Feldzug gegen die Shinsengumi, aber dies entpuppt sich als Fassade, um die Tendoshu hervorzulocken und sich ihnen entgegenzustellen. Als die Naraku ihn verraten, wird er zu einem Bündnis mit seinen ehemaligen Feinden gezwungen. In seinen letzten Momenten, nachdem er Nobume und seinen Bruder vor feindlichem Feuer schützt, fällt er mit einem zufriedenen Ausdruck von einer Schiffsgangway, sein Wunsch für seine Tochter Nobume endlich erfüllt. Nach seinem Tod wird er als jemand betrauert, der allein der Macht widerstand, und erhält respektvolle Würdigungen sowohl von der Shinsengumi als auch von seiner eigenen Mimawarigumi. Im Kampf ist Sasaki äußerst versiert, er führt geschickt sowohl eine Pistole als auch ein Schwert mit Techniken, die überwältigend genug sind, um jemanden wie Hijikata herauszufordern.