Makoto Yotsuba ist der jüngere Bruder von Kokoro Yotsuba und der Sohn von Koichi Yotsuba und Misato Yotsuba im Haushalt der Yotsuba. Er ist ein Junge im Grundschulalter, der sich durch seine hohe Energie und unruhige Art auszeichnet. Häufig als wild beschrieben, kann seine Ausgelassenheit manchmal für seine ältere Schwester irritierend sein, spiegelt aber auch eine echte Neugier auf die Welt um ihn herum wider. Makoto hat ein starkes Interesse an der Natur, insbesondere an Insekten, die er mit Begeisterung sammelt und studiert. Diese Faszination führt ihn oft dazu, neue Aktivitäten oder Erkundungen für sich und seine Schwester vorzuschlagen, und sein praktisches Wissen über die Natur erweist sich gelegentlich als nützlich, wenn die Cocotamas auf Probleme stoßen.

In der Geschichte dient Makoto als unterstützender menschlicher Charakter, der von der Existenz der Cocotamas weiß und sich um ihre Pflege und die daraus entstehenden Abenteuer kümmert. Er ist kein primärer Vertragspartner wie Kokoro, aber er nimmt am täglichen Leben des Haushalts teil und interagiert mit den winzigen Göttern, die im Cocotama-Haus leben. Seine Motivationen werden von dem Wunsch getrieben, zu lernen, zu spielen und seine Schwester zu unterstützen, auch wenn seine impulsiven Handlungen manchmal kleinere Komplikationen verursachen – wie das versehentliche Beschädigen eines Buches, das vorübergehend den Cocotama Oshaki einsperrte. Im Laufe der Serie vertieft sich Makotos Rolle, da er mehr Verantwortung für die Betreuung der Cocotamas übernimmt und einen reifenden Pflichtsinn zeigt, der seine früheren schelmischen Tendenzen ausgleicht.

Makotos wichtigste Beziehungen konzentrieren sich auf seine Familie. Mit Kokoro teilt er eine typische Geschwisterdynamik aus Neckereien und gelegentlicher Verärgerung, aber er zeigt auch Beschützerinstinkt und Eifer, sich ihr in der geheimen Welt der Cocotamas anzuschließen. Er interagiert herzlich mit den Cocotamas und behandelt sie als Freunde und Spielkameraden. Seine Eltern, obwohl weniger prominent dargestellt, bieten ein stabiles Zuhause, das Makotos Neugier gedeihen lässt. Er besitzt keine magischen oder übernatürlichen Fähigkeiten; seine bemerkenswerten Eigenschaften sind seine energiegeladene Persönlichkeit, seine Beobachtungsgabe in Bezug auf die Natur und seine wachsende Bereitschaft, zur Harmonie des Cocotama-Haushalts beizutragen. Durch diese Eigenschaften trägt Makoto zur alltäglichen Wärme und dem heiteren Chaos bei, das das Leben der Familie Yotsuba mit den winzigen Lehrlingsgöttern prägt.