Im alternativen Universum, das in Der Verschwinden der Nagato Yuki-chan dargestellt wird, ist Itsuki Koizumi ein normaler Oberschüler, der die Kouyouen-Akademie besucht und keine der übersinnlichen Fähigkeiten besitzt, die sein Gegenstück aus der Originalserie auszeichnen. Seine Rolle in der Erzählung ist deutlich kleiner und dient fast ausschließlich als komische Entlastung, obwohl sein bestimmendes Merkmal seine dramatisch übertriebene Hingabe zu Haruhi Suzumiya wird. Anders als die berechnendere und geheimnisvollere Figur der SOS-Brigade ist diese Version von Koizumi offen und unverhohlen in Haruhi vernarrt, bis zu dem Punkt, dass er bedingungslos jeder ihrer Launen und Befehle folgt. Er behandelt sich selbst als ihren willigen Handlanger und scheint echte Befriedigung daraus zu ziehen, ihre oft ausgefallenen Pläne und Forderungen zu unterstützen. Was diese Darstellung besonders ergreifend macht, ist, dass Koizumi sich vollkommen bewusst ist, dass seine Gefühle unerwidert bleiben. Er gibt gegenüber Kyon zu, dass er keine Hoffnung hegt, dass Haruhi jemals sein romantisches Interesse erwidern wird, doch dieses Wissen tut nichts, um seinen Enthusiasmus oder seine Hingabe zu ihr zu dämpfen. Seine Motivation entspringt einem grundlegenden Ereignis in seiner persönlichen Geschichte: Als er an die Schule wechselte und zunächst von Mitschülern ausgegrenzt wurde, war Haruhi diejenige, die auf ihn zukam und ihn mit Freundlichkeit behandelte, was ihn von allen anderen abhob. Dieser Akt der Akzeptanz festigte seine dauerhafte Loyalität und Zuneigung.

Trotz seiner hoffnungslosen romantischen Situation bewahrt Koizumi sein charakteristisches höfliches und umgängliches Auftreten und spricht oft in einer formellen und freundlichen Art. Er entwickelt eine Kameradschaft mit Kyon, der als primäre Perspektivfigur dient, und die beiden finden sich oft als die einzigen männlichen Mitglieder ihres erweiterten sozialen Kreises wieder. Koizumi fungiert auch als unterstützender Freund für Kyon und hilft, die chaotische Energie zu bewältigen, die Haruhi in ihr Leben bringt. Was persönliche Fähigkeiten betrifft, hat er in diesem Universum keine übernatürlichen Kräfte; er ist ein gewöhnlicher Mensch, dessen bemerkenswerte Eigenschaften sein angenehmes Äußeres, seine freundliche Persönlichkeit und seine Bereitschaft sind, bei jedem Abenteuer mitzumachen, das Haruhi geplant hat. Er entspricht dem Archetyp des Hartnäckigen Netten Kerls, jemandem, der treu an der Seite der Person bleibt, die er liebt, selbst ohne Erwartung einer Erwiderung, und der seine Rolle als ihr ergebener Assistent als einen lohnenden Zweck an sich betrachtet. Seine Anwesenheit in der Geschichte fügt eine Schicht sanfter, unkomplizierter Zuneigung inmitten der komplexeren romantischen Spannungen zwischen anderen Charakteren hinzu, und seine fröhliche Bereitschaft, Haruhis Launen zu dienen, macht ihn zu einer beständigen Quelle sanften Humors.