Naraku Ninja ist eine mysteriöse und uralte Ninja-Seele, die als Kraftquelle für den titelgebenden Protagonisten der Geschichte dient und den Angestellten Kenji Fujikido besitzt, nachdem seine Frau und sein Kind in einem Ninja-Territoriumskrieg getötet wurden. Als körperloses Wesen mit eigenem Willen zeichnet sich Naraku Ninja durch ein intensives Verlangen nach dem Massaker an Ninja aus, ein Antrieb, der mit Fujikidos persönlicher Rachsucht gegenüber dem Soukai-Syndikat übereinstimmt. Diese Konvergenz der Wünsche bringt die als Ninja Slayer bekannte Persona hervor, einen furchterregenden ninjatötenden Sensenmann. Die Beziehung zwischen Naraku Ninja und Fujikido ist eine symbiotische Besessenheit: Je tiefer ihre mentale Resonanz und physische Symbiose wird, desto mächtiger wird Ninja Slayers Karate. Es besteht jedoch ein kritisches Risiko – wenn Fujikido seinen Willen vollständig Naraku Ninja überlässt, wird sein Karate nahezu unbesiegbar, aber Naraku Ninja könnte dann ungehindert massakrieren. Naraku Ninjas Fähigkeiten umfassen die Verleihung verbesserter Ninja-ähnlicher physischer Attribute, beeindruckender Karate-Techniken und der Fähigkeit, schwarze Flammen zu erzeugen. Diese dunkle Macht übt ständig Druck auf den Wirt aus, die vollständige Übernahme zuzulassen, und sollte ein Wirt jemals sein Racheziel erreichen und seinen Zweck verlieren, wird er von Narakus Flammen verzehrt und stirbt, woraufhin die Seele weiterzieht, um einen neuen Wirt zu finden. Naraku Ninja fungiert somit sowohl als Ermöglicher von Fujikidos Rache als auch als ständige Bedrohung seiner Identität und verkörpert eine urtümliche, zerstörerische Kraft, die immer größere Gewalt fordert.