Kenji Fujikido ist der Protagonist der Geschichte, ein Mann, dessen gewöhnliches Leben durch eine Tragödie zerstört wird. Ursprünglich war er ein einfacher und ehrlicher Angestellter, der mit seiner geliebten Frau Fuyuko und seinem kleinen Sohn Tochinoki in der dystopischen Stadt Neo-Saitama lebte. An einem schicksalhaften Heiligabend, während eines Ereignisses, das als Marunouchi-Aufstand bekannt ist, geriet die Familie in einen gewalttätigen Ninja-Territoriumskrieg. Kenji wurde Zeuge des brutalen Mordes an seiner Frau und seinem Kind durch einen Ninja, und er selbst wurde dem Tod überlassen, sein eigenes Leben entglitt ihm. Als er im Sterben lag, bot ihm eine mysteriöse und bösartige Ninja-Seele namens Naraku Ninja einen Pakt an: die Macht zur Rache im Austausch dafür, ein Gefäß zu werden. Kenji nahm an, und aus dieser Verschmelzung der Trauer eines Sterblichen und eines rachsüchtigen Geistes wurde die gefürchtete Entität namens Ninja Slayer geboren.

Der Kern von Kenji Fujikidos Persönlichkeit ist ein Strudel widersprüchlicher Kräfte. Er wird von einem alles verzehrenden, kalten und methodischen Verlangen nach Rache an allen bösen Ninjas angetrieben, einer Suche, die ihm Titel wie die "Geißel von Soukaiya" und den "Sensenmann von Neo-Saitama" eingebracht hat. Er ist gnadenlos in seiner Verfolgung, zeigt seinen Feinden keine Schonung und greift sogar zu brutalen Verhörtechniken, sogenannten "Interviews", um Informationen zu extrahieren. Seine Sprache ist oft knapp und von einem theatralischen, altmodischen Ton geprägt, und er kündigt sich seinen Feinden mit der berühmten Erklärung an: "How do you do? I am Ninja Slayer!". Trotz seines furchterregenden Rufs versucht Kenji verzweifelt, an seiner verbleibenden Menschlichkeit festzuhalten. Er arbeitet unermüdlich daran, den blutrünstigen Einfluss von Naraku Ninja zu unterdrücken, der ihn ständig drängt, wahllos zu töten. Kenjis persönlicher Moralkodex schreibt vor, dass er unschuldige Zivilisten nicht verletzen darf, und er hat mit einigen wenigen Auserwählten Vertrauens- und Freundschaftsbande geknüpft, wobei er seinen wahren Namen mit Verbündeten wie der freiberuflichen Journalistin Nancy Lee teilt. Er ist sich zutiefst bewusst, dass sein Kreuzzug nicht heldenhaft ist; er betrachtet sich selbst als ein notwendiges Übel, einen "Karate-Terroristen" auf einem egoistischen Pfad der Rache, und ist bereit, die Konsequenzen seiner gewalttätigen Handlungen zu tragen.

Kenjis Hauptmotivation ist unkompliziert und doch alles verzehrend: jeden letzten bösen Ninja in Neo-Saitama zu töten. Sein ultimatives Ziel ist es, den Ninja zu finden und zu eliminieren, der seine Familie ermordet hat, eine persönliche Vendetta, die seine gesamte Existenz antreibt. Er sieht seine Mission als eine einsame an, einen Pfad des Todes, den er allein gehen muss. Seine Reise zwingt ihn jedoch in eine breitere Rolle. Indem er mächtige Ninja-Syndikate wie das Soukai-Syndikat und die Amakudari-Sekte zerstört, wird er unbeabsichtigt zum Beschützer der Schwachen, auch wenn dies nie seine erklärte Absicht ist. Sein Charakterbogen beinhaltet die Entwicklung von einer rein rachegetriebenen Figur zu jemandem, der darüber nachdenken muss, was bleibt, wenn die Rache erfüllt ist, was zu Phasen tiefgreifenden Verlusts und einer Identitätskrise führt.

Innerhalb der Erzählung fungiert Kenji als der rächende Engel von Neo-Saitama, eine furchterregende Naturgewalt, die sich auf die kriminelle Ninja-Unterwelt herablässt. Seine Rolle wird durch seine Beziehungen definiert, am bemerkenswertesten mit dem parasitären Naraku Ninja. Diese innere Beziehung ist ein ständiger Kampf um Kontrolle, eine symbiotische, aber feindselige Bindung, in der Kenjis Willenskraft gegen das wahnsinnige Verlangen der Ninja-Seele nach Gemetzel ankämpft. Sein Mentor, Dragon Gendoso vom Dragon Dojo, lehrte ihn die geheimen "Tea Ceremony"-Kampfkünste und die Techniken, um Naraku zu unterdrücken, und gab ihm eine wichtige Anweisung mit: "Für einen Gegner, den hundert Shurikane nicht besiegen können, verlasse dich nicht auf einen einzelnen Shurikan... wirf tausend Shurikane!". Gendosos letztendlicher Tod durch die Hände von Kenjis Erzfeind, dem Dark Ninja, wird zu einer weiteren tiefen Wunde und einer Quelle der Schuld, was seine Entschlossenheit stärkt, Gendosos Tochter Dragon Yukano zu beschützen. Weitere wichtige Verbündete sind Nancy Lee, eine erfahrene Informationsmaklerin, die ihn oft mit entscheidenden Informationen und Unterstützung versorgt. Sein Erzfeind ist Fujiokata Katakata, der Dark Ninja, der direkt für den Mord an seiner Familie verantwortlich ist, was ihren Konflikt zur zentralen persönlichen Vendetta seines Lebens macht.

Kenji Fujikido durchläuft im Laufe seiner Geschichte eine bedeutende, aber subtile Entwicklung. Er beginnt als ein Mann, der von seiner neuen Macht völlig überwältigt wird, und tritt in eine Periode ein, die als die "Sieben Tage der Dunkelheit" bekannt ist, in der Naraku Ninja seinen Körper vollständig kontrollierte, was zu wahllosem Gemetzel führte. Nachdem er von Dragon Gendoso gerettet und ausgebildet wurde, lernt er, seinen eigenen Willen durchzusetzen, und beginnt seinen Kampf als Kenji Fujikido und nicht als Marionette von Naraku. Er entwickelt sich von einer rein reaktiven Rachekraft zu einem erfahreneren, wenn auch immer noch düsteren Krieger, der mit komplexen Fragen nach seinem Zweck ringt. An einem Punkt, nachdem er viele seiner anfänglichen Ziele besiegt hat, verliert er die Richtung und wird lustlos, ein "Ninja ohne Mission", bis das Auftauchen neuer Bedrohungen seinen Kampf neu entfacht. In späteren Teilen der Geschichte legt er schließlich den Ninja Slayer-Mantel und den Einfluss von Naraku ab und setzt seinen Kampf für Gerechtigkeit unter einer neuen Identität, Satsubatsu Knight, fort, was beweist, dass sein Wille, andere vor dem Bösen zu schützen, selbst den rachsüchtigen Geist überdauert, der ihm seine Macht gab.

Als Ninja Slayer verfügt Kenji über gewaltige und übernatürliche Fähigkeiten, die in der alten Kampfkunst des "Karate" verwurzelt sind, die in dieser Welt alle Formen des Kampfes und übernatürliche Kräfte umfasst. Zu seinen charakteristischen Techniken gehören die Schwarzen Flammen von Naraku, die Feinde einäschern und sogar seine eigene Ninja-Kleidung reparieren können. Er besitzt übermenschliche Stärke, Geschwindigkeit und Ausdauer und kann die Neuron Acceleration Jutsu einsetzen, um sich schneller als ein Hochgeschwindigkeitszug zu bewegen. Er ist auch ein Meister der geheimen Kampfkünste des Drachenklans, bekannt als "Tea Ceremony", die Techniken wie die heilende "Tea Ceremony Breathing", den mächtigen "Dragon Twist Kick" und Ukemi, eine Technik zur Verteilung von Aufprall bei Stürzen, umfasst. Ein Schlüsselaspekt seiner Macht ist die Seelensynchronisation mit Naraku Ninja; je mehr er dem Einfluss der Ninja-Seele nachgibt, desto unbesiegbarer wird sein Karate, obwohl er dabei riskiert, sich selbst vollständig zu verlieren. Als Kenji Fujikido ist seine zivile Form die eines Mannes mit schwarzem Haar und einem strengen, müden Gesichtsausdruck, der 181 Zentimeter groß ist. Wenn die Ninja Slayer-Persönlichkeit die Oberhand gewinnt oder Naraku an Einfluss gewinnt, wird sein Haar schneeweiß, und er legt ein wallendes, dunkelrotes Ninja-Kostüm an, komplett mit einem Menpo (Gesichtsmaske), das die Kanji für "Ninja" und "Töten" trägt.