Koki Yamoto ist ein Oberschulmädchen, das in der Cyberpunk-Metropole Neo-Saitama lebt und durch ein Phänomen namens Ninja-Seelen-Besessenheit von einer mächtigen Ninja-Seele, bekannt als der Shi Ninja, besessen wird. Dieses traumatische Ereignis führt direkt zum Tod ihrer Eltern und hinterlässt sie tief verstört und traumatisiert. Sie ist eine unabhängige Ninja, die sich weigert, dem Soukai-Syndikat beizutreten, und es vorzieht, nicht gebunden zu sein. Von Natur aus ist sie zurückhaltend und introvertiert, und sie sorgt sich sehr um ihre Freunde, wobei sie sich oft selbst in Gefahr bringt, um sie zu beschützen. Als sie zum ersten Mal die Macht des Shi Ninja erlangt, erlebt sie einen Ausbruch von Gewalt und stellt fest, dass sie den Kampf genießt, was sie beunruhigt. Im Laufe der Zeit gewinnt sie bessere Kontrolle über ihre Fähigkeiten und lässt nicht zu, dass die aggressiven Impulse sie beherrschen. Ihre Hauptmotivation ist das Überleben und der Schutz derer, die ihr nahestehen, aber sie kämpft auch darum, ihre Menschlichkeit gegen die dunkleren Aspekte ihrer Ninja-Seele zu bewahren. In der Geschichte wird sie in einer Episode eingeführt, die sich auf ihre Tortur konzentriert, und später in Konflikte mit verschiedenen Ninja-Fraktionen verwickelt. Sie hat eine entscheidende Begegnung mit Ninja Slayer während eines Kampfes gegen den Ninja namens Sonic Boom, bei dem sie ihre origami-basierten Kräfte einsetzt, um den entscheidenden Schlag zu versetzen. Obwohl sie Ninja Slayer freundlich gesinnt ist und Hilfe von ihm erhalten hat, hegt die Naraku-Ninja-Seele in Ninja Slayer einen Groll gegen den Shi Ninja und fordert ihren Tod, aber Ninja Slayer verschont sie und lässt sie entkommen. Ihre Entwicklung ist geprägt von ihrer Reise von einem traumatisierten Opfer der Besessenheit zu einer selbstbewussteren und kontrollierteren Nutzerin ihrer Kräfte, obwohl der innere Kampf mit ihren gewalttätigen Tendenzen bestehen bleibt. Ihre bemerkenswerten Fähigkeiten konzentrieren sich auf Origami-Manipulation; sie kann Papierkonstrukte für Angriff und Verteidigung erschaffen und kontrollieren, insbesondere indem sie einen großen Origami-Angriff beschwört, der stark genug ist, um einen Feind zu töten. Wenn sie die Macht des Shi Ninja anzapft, werden ihre Augen lila und ein geisterhafter lila Schal manifestiert sich um sie herum, was ihren verstärkten Zustand anzeigt.