Professor Spencer Hale ist ein Pokémon-Forscher aus der Stadt Greenfield in der Johto-Region, wo er mit seiner Frau und seiner kleinen Tochter Molly in einem großen Herrenhaus lebt. Er ist ein ehemaliger Top-Schüler von Professor Eich und ein Jugendfreund von Delia Ketchum, und er wird von seinen Forscherkollegen als hochintelligent und freundlich angesehen. Sein beruflicher Schwerpunkt ist die Erforschung seltener und mysteriöser Pokémon, insbesondere der rätselhaften, glyphartigen Kreaturen, die als Icognito bekannt sind und ihn bis zur Besessenheit faszinieren.

Als Vater ist Spencer liebevoll und sanft, wenn er mit Molly zusammen ist. Der Film beginnt damit, dass er ihr ein Buch über legendäre Pokémon vorliest, und die beiden spielen zusammen, bis eine dringende Nachricht ihre Zeit unterbricht. Bevor er zu neu entdeckten Ruinen aufbricht, sagt er Molly, sie solle in ihren Träumen an ihn denken – ein Moment, der sowohl seine Wärme als auch den ständigen Sog seiner Arbeit einfängt. Da seine Forschung Reisen und lange Arbeitszeiten erfordert, bleibt Molly oft zu Hause unter der Obhut des Hauspersonals zurück, und seine Hingabe an das Icognito-Projekt hat seine Familienleben belastet.

Die Geschichte beginnt ernsthaft, als Spencer und sein Assistent Skyler eine alte Ruine in der Wüste erkunden. Spencer fotografiert die in die Wände gemeißelten Symbole und entdeckt eine Kiste mit Tafeln, die die Formen der Icognito tragen. Als er mehrere Tafeln anfasst, erscheinen die Icognito um ihn herum und ziehen ihn in ihre Dimension, ohne eine Spur zu hinterlassen. Sein plötzliches Verschwinden lässt Molly allein zurück, da auch ihre Mutter abwesend ist. In der englischen Version des Films wird gesagt, dass seine Frau verschwunden ist, während sie die Icognito erforschte – ein Projekt, an dem Spencer ebenfalls beteiligt war –, während die japanische Originalversion andeutet, dass sie die Familie verlassen hat.

Spencer Rolle in der Geschichte ist die eines Auslösers, dessen Abwesenheit die gesamte Handlung in Gang setzt. Er erscheint persönlich nur kurz am Anfang und noch einmal gegen Ende, doch seine Beziehung zu Molly definiert den emotionalen Kern des Films. Nachdem er verschwindet, findet Molly die Icognito-Tafeln, und die Kreaturen reagieren auf ihre Trauer, indem sie ihre Wünsche erfüllen. Sie verwandeln ihr Zuhause in einen Kristallpalast und erschaffen ein illusorisches Entei, das als Vaterfigur dient, die sie sich sehnlichst wünscht, und die Folgen dieser magischen Anordnung treiben den zentralen Konflikt voran. Molly lernt schließlich, die Illusion loszulassen und zu akzeptieren, dass das eingebildete Entei nicht ihr echter Vater ist.

Die Auflösung des Films zeigt, wie die Icognito in ihre Dimension zurückkehren und Spencer freilassen, wodurch er an den Ruinen, wo er verschwand, wiederhergestellt wird. Er erwacht und findet Skyler, Professor Eich, Delia und die anderen in der Nähe, und er wird freudig mit Molly wiedervereint. In den Schlussszenen taucht auch seine Frau wieder auf, was die Familienzusammenführung vervollständigt. Spencers Entwicklung ist mit dieser Wiederherstellung verbunden: Seine Zeit, die er in der Icognito-Dimension gefangen war, und der Schmerz, den seine Abwesenheit seiner Tochter bereitet hat, verdeutlichen den Preis seiner Besessenheit, und der Film endet damit, dass er sichtlich erleichtert ist, seine Familie wieder vollständig zu haben.

Spencer bemerkenswerte Fähigkeiten sind eher wissenschaftlicher als kämpferischer Natur. Er ist ein angesehener Forschungswissenschaftler mit tiefem Wissen über Pokémon, insbesondere die Icognito, und er besitzt die Einsicht, die Bedeutung alter Ruinen und Symbole zu erkennen, die andere vielleicht abtun würden. Er spielt keine bedeutende Rolle in Kämpfen; seine Stärken liegen in seiner Fachkenntnis, seinem Ruf und der echten Zuneigung, die er für seine Tochter hegt, die sich letztlich als stärker erweist als die Kräfte, die sie getrennt haben.