Mizuhara Makoto ist ein siebzehnjähriger Oberschüler an der Shinonome-Oberschule, der zum Protagonisten der Geschichte wird. Er ist wissenschaftlich begabt und baut eine komplexe Maschine für das Schulfest der Schule. Als sein Rivale Katsuhiko Jinnai das Gerät sabotiert, löst dies ein Portal aus, das Makoto zusammen mit Jinnai, Jinnais Schwester Nanami und dem Geschichtslehrer Masamichi Fujisawa in die fantastische Welt von El-Hazard transportiert.

Makoto wird als gutherzig, charismatisch, einfühlsam und mutig beschrieben. Er zeichnet sich durch akademische Exzellenz und sportliches Geschick aus, Eigenschaften, die ihn bei seinen Mitschülern beliebt machen und Jinnais Eifersucht schüren. Trotz seiner Intelligenz kann er unentschlossen sein und ihm fehlt es an Selbstvertrauen, besonders wenn es um romantische Gefühle geht. Er ist von Natur aus neugierig und begeistert von der Wissenschaft, was ihn dazu treibt, die unbekannte Welt, in der er sich wiederfindet, zu erforschen.

Sein Hauptantrieb ist es, seine Freunde und die Menschen von El-Hazard zu beschützen sowie einen Weg zurück nach Hause zu finden. Im Laufe der Ereignisse wird er tief in das Schicksal der Bewohner der Welt und den Konflikt zwischen den menschlichen Nationen und dem insektoiden Stamm der Bugrom verwickelt, der von Jinnai angeführt wird. Er wird auch von einer mysteriösen Verbindung zu einer Frau namens Ifurita angetrieben, die ihm zunächst auf der Erde erscheint und ihn nach El-Hazard schickt.

Makoto dient als der zentrale Held von El-Hazard: The Magnificent World. Nach seiner Ankunft wird er schnell in die politischen und militärischen Kämpfe von Roshtaria verwickelt und muss sogar als Prinzessin Fatora auftreten, um den Frieden zwischen den Stämmen zu wahren. Seine Handlungen führen ihn schließlich zur uralten Superwaffe, die als Auge Gottes bekannt ist, und er spielt eine entscheidende Rolle bei der Verhinderung ihres Missbrauchs. Letztendlich riskiert er sein Leben, um Ifurita davon abzuhalten, El-Hazard zu zerstören, was dazu führt, dass er vorübergehend verschwindet, bevor er später zurückkehrt.

Wichtige Beziehungen prägen seine Reise. Er entwickelt eine starke romantische Bindung zu Prinzessin Rune Venus, die in der OVA-Kontinuität zu seiner Hauptliebesinteresse wird. Er teilt auch eine tiefe, vorbestimmte Verbindung mit Ifurita, der Dämonengöttin, die von einer alten Zivilisation erschaffen wurde; seine Interaktionen mit ihr bilden eine Kausalschleife, die zehntausend Jahre umspannt. Darüber hinaus hegen die Feuerpriesterin Shayla-Shayla und Nanami Jinnai romantische Gefühle für ihn, was ein kleines Liebesdreieck erzeugt. Seine Beziehung zu Jinnai ist von Rivalität geprägt, obwohl die beiden letztendlich gezwungen sind, in größeren Konflikten zusammenzuarbeiten.

Makoto durchläuft eine bedeutende persönliche Entwicklung. Anfangs ein widerstrebender und etwas passiver Held, wächst er zu einem entschlossenen und selbstlosen Anführer heran. Die zentrale Kausalschleife offenbart, dass seine Reise immer so vorgesehen war: Ifurita, nachdem sie in der Zeit verloren gegangen ist, wartet auf der Erde auf ihn und schickt ihn zurück nach El-Hazard, um die Ereignisse auszulösen, die schließlich zu ihrer Rettung führen werden. Dieses Paradoxon verleiht seinem Charakterbogen ein Gefühl der Unvermeidlichkeit und vertieft seine emotionale Reife.

In El-Hazard erlangt Makoto eine einzigartige Fähigkeit: Er kann alte el-hazardische Technologie allein durch Berührung aktivieren, synchronisieren und intuitiv verstehen. Diese Kraft ermöglicht es ihm, mit Geräten wie dem Machtschlüsselstab und dem Auge Gottes zu interagieren, und ist der Schlüssel zu seiner Fähigkeit, auf mentaler Ebene mit Ifurita zu kommunizieren. Er zeigt auch eine natürliche Begabung für Diplomatie und Problemlösung, wobei er seinen wissenschaftlichen Verstand nutzt, um die Herausforderungen der Welt zu meistern.