Naoya Kirihara ist einer der beiden Hauptprotagonisten von Night Head Genesis, ein junger Mann, der mit mächtigen psychischen Fähigkeiten ausgestattet ist. Er ist Hellseher, Telepath, Seher und Heiler, doch diese Gaben haben einen hohen persönlichen Preis. Körperlicher Kontakt mit Menschen oder Gegenständen löst traumatische Visionen aus, die ihn überwältigen und nach besonders schockierenden Episoden oft in einen katatonischen Zustand versetzen. Aus diesem Grund lebt Naoya in ständiger Angst vor unfreiwilligem Kontakt und verlässt sich stark auf seinen älteren Bruder Naoto Kirihara, der der einzige Mensch ist, dessen Berührung diese schmerzhaften Visionen nicht auslöst. Er nennt Naoto Nii-san und positioniert sich oft hinter seinem Bruder, um ihn als Schutzschild zu nutzen, der andere davon abhält, ihn zu berühren. Als Kind folgte er Naoto, indem er sich an der Rückseite seiner Jacke festhielt.

Naoyas Hintergrundgeschichte ist von Tragik geprägt. Aufgrund ihrer paranormalen Fähigkeiten wurden er und Naoto von ihren Eltern verlassen und einem Forschungszentrum übergeben, wo sie fünfzehn Jahre lang eingesperrt waren. Sie entkommen schließlich, als die psychische Barriere, die sie gefangen hält, zusammenbricht, und streben nach einem normalen Leben. Doch bald werden sie in einen größeren Konflikt verwickelt, der ein Phänomen namens „Der Umbruch“ betrifft, eine Verschiebung von der materiellen zur geistigen Welt. Naoyas Rolle in der Geschichte besteht darin, seine präkognitiven und telepathischen Fähigkeiten einzusetzen, um Gefahren aufzudecken und die Handlungen der Brüder zu lenken, während Naoto seine psychokinetischen Kräfte nutzt, um auf diese Visionen zu reagieren.

Naoyas Persönlichkeit ist von Trauma, Sensibilität und Abhängigkeit geprägt. Er ist tief betroffen von dem ständigen Zustrom der Gedanken anderer und zukünftiger Einblicke, was ihn ängstlich und zurückgezogen macht. Seine Hauptmotivation ist es, Sicherheit und Frieden zu finden, doch er wird wiederholt gezwungen, sich seinen Ängsten zu stellen und seine Fähigkeiten einzusetzen, um Leben zu retten. Im Laufe der Serie lernt er, seine Kräfte effektiver zu kontrollieren und beginnt, sein tiefsitzendes Misstrauen gegenüber körperlichem Kontakt zu überwinden. Seine Beziehung zu Naoto ist der Anker seiner Existenz, eine Bindung, die auf gegenseitigem Schutz und Verständnis beruht. Er entwickelt auch eine Verbindung zu Shouko Futami, einer mysteriösen Frau, die die Zukunft sehen kann und den Brüdern hilft, die Bedrohungen zu bewältigen, denen sie gegenüberstehen. Durch diese Beziehungen und seine wachsende Kontrolle reift Naoya von einem zerbrechlichen Opfer seiner eigenen Gaben zu einem aktiveren Teilnehmer im Kampf gegen die Kräfte, die den Umbruch vorantreiben.