Omegamon ist ein Heiliger-Ritter-Digimon und einer der Royal Knights, einem Orden von Elitekriegern, die Yggdrasill dienen, dem Host-Computer, der die Digitale Welt regiert. Im Verlauf der Ereignisse von Digital Monster X-Evolution ist er eine der zentralen Figuren der Geschichte, ein mächtiger Vollstrecker, der damit beauftragt ist, die letzten Phasen von Projekt Arche, Yggdrasills Plan, die Digitale Welt von ihrem Übermaß an Leben zu befreien, durchzuführen. Diese Pflicht bringt ihn in direkten Gegensatz zu den überlebenden Digimon, einschließlich derer, die das X-Antikörper tragen, eine Immunität, die ihnen die Stärke verleiht, das X-Programm zu überstehen.

Zu Beginn der Geschichte ist Omegamons Persönlichkeit von absoluter Loyalität geprägt. Er betrachtet Yggdrasills Willen als souverän und über jeden Zweifel erhaben, egal wie schwerwiegend die geforderten Handlungen sind, und er glaubt, dass die Royal Knights kein Recht haben, ihre Befehle anzuzweifeln. Er tut X-Antikörper-Digimon als fremde Verunreinigungen ab, die entfernt werden müssen, damit die Digitale Welt erneuert werden kann, und er drängt auf sofortiges, entschlossenes Handeln, wann immer der Widerstand zur Sprache kommt. Seine Pflichterfüllung ist so vollständig, dass er, als er gerufen wird, um sich einer Gruppe von X-Antikörper-Digimon zu stellen, die einen Dialog suchen, sie angreift und, zum Erstaunen der Digimon, die seine Hilfe angefordert haben, seine Macht auch gegen sie richtet.

Im Verlauf des Konflikts werden Omegamons Überzeugungen allmählich erschüttert. Er ist wiederholt verwirrt von der Entschlossenheit von DORUmon und Tokomon, zwei kleinen Digimon, die sich weigern aufzugeben, selbst als er sie beiseitefegt, und seine geordnete Mission wird kompliziert, als War Greymon (X-Antikörper) und Metal Garurumon (X-Antikörper) eingreifen, um sie zu beschützen. Während der darauffolgenden Schlacht verwundet Omegamon Metal Garurumon (X-Antikörper) tödlich, eine Tat, die seinen inneren Konflikt vertieft, statt ihn zu lösen. Als sein Mit-Royal Knight Dukemon ihn mit Yggdrasills wahren Absichten konfrontiert, legen die beiden ihre Meinungsverschiedenheit in einem Duell bei, und Omegamon beendet es, indem er Dukemon mit dem Grey Sword durchbohrt. Der Sieg bringt ihm keinen Frieden. Er beginnt, seinen Zweck, die Bedeutung seiner Handlungen und die Aufrichtigkeit sowohl Dukemons als auch Yggdrasills infrage zu stellen. Ein kurzer Versuch, seine Zweifel mit Magnamon zu teilen, verstärkt nur seine Unruhe, und als Magnamon DORUmon gefangen nimmt und später enthüllt, dass der überwältigende Schwarm von Death-X-DORUguremon Teil von Yggdrasills Plan war, ist Omegamon entsetzt und beschließt, Yggdrasill direkt zu konfrontieren, um die Wahrheit zu erfahren.

Dies markiert den Wendepunkt in seiner Entwicklung. Als DORUmon, der sich zu DORUguremon entwickelt hat, das Territorium der Royal Knights betritt, fordert Omegamon ihn zu einem Duell heraus, um seine Absichten zu ergründen, und erkennt an, dass die beiden nun dasselbe wollen. DORUmon leistet keinen Widerstand, und bevor der entscheidende Schlag landen kann, entwickelt er sich zu Alphamon. Omegamon erkennt Alphamons Entschlossenheit, legt seine alten Loyalitäten beiseite und verbündet sich mit ihm. Die beiden stellen sich gemeinsam dem gewaltigen Death-X-DORUgoramon, und obwohl Omegamon ihn nicht allein besiegen kann, zerstört Alphamon die Bedrohung. Dann dringen sie in Yggdrasills Territorium ein, aber der Host-Computer weigert sich zu antworten, was sie zu dem Schluss zwingt, dass der einzige Weg, den Zusammenbruch der Digitalen Welt zu stoppen, die Zerstörung Yggdrasills ist. Als Alphamon sich in Form von Alphamon: Ouryuken opfert, um den Weg freizumachen, überträgt er den Rest seiner Stärke auf Omegamon, der sich zu Omegamon (X-Antikörper) entwickelt. In dieser Form durchbohrt er Yggdrasill mit All Delete und setzt die Digitale Welt zurück, wodurch er genau die Veränderung vollendet, die sein Meister gefürchtet hatte, und einen Neuanfang herbeiführt. In den letzten Momenten der Geschichte beobachten Omegamon und Dukemon gemeinsam die wiedergeborene Welt, reflektieren über Yggdrasills Entscheidungen und sehen DORUmon und Tokomon friedlich spielen.

Omegamons Beziehungen sind zentral für seine Reise. Yggdrasill ist die Autorität, der er ohne Frage dient und der er letztendlich trotzt. Dukemon ist sowohl sein Kamerad als auch sein ideologisches Spiegelbild, und ihre Konfrontation zwingt Omegamon, sich dem moralischen Gewicht des Gehorsams zu stellen; sie beenden die Geschichte versöhnt. Magnamon repräsentiert unerschütterliche Treue und hilft, die wahren Kosten von Projekt Arche aufzudecken. DORUmon, der später Alphamon wird, wandelt sich von Beute zu Rivale zu Partner, und es ist Alphamons Opfer, das Omegamon die Stärke verleiht, die benötigt wird, um die Digitale Welt neu zu gestalten.

Als Krieger ist Omegamon ein Multi-Typ-Kämpfer, der die Eigenschaften von War Greymon und Metal Garurumon vereint. Sein rechter Arm, geformt wie Metal Garurumon, beherbergt die Garuru-Kanone, die Kugeln aus absolutem Nullpunkt abfeuert, die Feinde einfrieren können, sowie Raketenwerfer. Sein linker Arm, geformt wie War Greymon, führt das Grey Sword, eine unbesiegbare Klinge, zusammen mit einem Schild. Sein Umhang entfaltet sich automatisch, wenn er Angriffen ausweicht oder in die Luft steigt. Nachdem er das X-Antikörper erlangt hat, wird seine Macht erheblich verstärkt; er erhält die Omega-Force, eine Fähigkeit, die es ihm ermöglicht, Kampfbedingungen zu lesen und sofort darauf zu reagieren, und die All-Delete-Technik, einen verheerenden Angriff, der den Kern der Digitalen Welt selbst durchdringen und zurücksetzen kann.