Doktor Ziggurat ist der Hauptantagonist der Geschichte von Beyblade: Metal Masters. Er ist ein Wissenschaftler von beträchtlichem Ehrgeiz, der als CEO und Vorsitzender der Hades Incorporated fungiert, dem Besitzer der HD Academy-Trainingseinrichtung und dem Erfinder des Arrangement-Systems. Er ist auch der Gründer und Anführer des amerikanischen Repräsentationsteams, Star Breaker. Sein physisches Erscheinungsbild ist unverwechselbar, gekennzeichnet durch einen großen Körperbau, schwarzes Haar, einen kleinen Spitzbart und orangefarbene dreieckige Brillengläser, die er immer trägt. Er wird oft in einem langen schwarzen Anzug und dunklen Hosen gesehen, und manchmal trägt er ein kleines, kaninchenähnliches Haustier-Eichhörnchen bei sich.

Vor den Ereignissen der Serie hatte Ziggurat Karrieren als Geistes- und Energiearzt. Er zog sich schließlich aus allen professionellen Verbänden und Vereinigungen zurück, um die HD Academy zu gründen und seine eigenen wissenschaftlichen Ziele zu verfolgen. Seine Persönlichkeit ist geprägt von einer kalten, manipulativen und arroganten Natur. Er betrachtet Menschen nicht als Individuen, sondern als Versuchsobjekte für seine Experimente und zeigt keine Reue für den psychologischen oder physischen Schaden, den er verursacht. Dies wird am deutlichsten, als er den Blader Zeo Abyss erpresst, indem er das Leben seines hospitalisierten Freundes Toby bedroht, um Zeo zum Kampf zu zwingen, und später Toby in einen geistlosen Zustand umprogrammiert, um seinen Zwecken zu dienen. Ziggurat ist ein Mann, der glaubt, dass Wissenschaft das volle Potenzial eines Menschen freisetzen kann, doch er nutzt seine Entdeckungen hauptsächlich für Kontrolle und persönlichen Gewinn. Er hält sich für anderen überlegen, indem er einmal den Physiker Albert Einstein im Vergleich zu seinem eigenen Genie abtat, während er die Kraft seines ultimativen Beyblades erklärte. Trotz seiner ruhigen und berechnenden Art für den Großteil der Geschichte offenbart er letztendlich eine zutiefst feige Seite, indem er versucht zu fliehen und Verantwortung zu leugnen, als seine Erfindungen außer Kontrolle geraten.

Ziggurats Hauptmotivation ist es, die Überlegenheit seiner wissenschaftlichen Methoden zu beweisen und seine große Vision zu verwirklichen, die sich im Laufe der Erzählung verschiebt. Anfangs präsentiert er seine Arbeit als eine Möglichkeit, die Energiekrise der Welt zu lösen. Er versucht, Beyblades als alternative Energiequelle zu nutzen, ein Konzept, das er die Spiral-Kraft nennt. Zu diesem Zweck erschafft er das Arrangement-System, einen Prozess, der darauf ausgelegt ist, Blader an ihre physischen und mentalen Grenzen zu treiben, um Kampfdaten zu sammeln. Nach erfolgreicher Entwicklung der Spiral-Kraft wird jedoch seine wahre, skrupellose Natur enthüllt, als er seine Absicht ankündigt, die Weltuntergangswaffe an den Höchstbietenden zu verkaufen, ungeachtet der Konsequenzen. Seine Rolle wird weiter ausgebaut, als enthüllt wird, dass er der unsichtbare Drahtzieher hinter den Handlungen von Doji, dem Hauptschurken der vorherigen Staffel, war, indem er die Suche nach dem verbotenen Bey, Lightning L-Drago, orchestrierte.

Seine wichtigsten Beziehungen sind alle transaktional und manipulativ. Er ist der Vorgesetzte von Doji, den er als ein Werkzeug betrachtet, das zu besessen von Macht wurde, um objektiv zu denken. Er hegt ein klinisches Interesse an den mächtigen Bladern Ryuga und Gingka, da er ihre außergewöhnlichen Beys, L-Drago und Pegasus, als die Hauptdatenquellen betrachtet, die benötigt werden, um seine Spiral-Kraft zu perfektionieren. Er kontrolliert die Mitglieder von Team Star Breaker – Zeo, Damian und Jack – durch eine Kombination aus dem gehirnwäscheartigen Arrangement-System und Erpressung und macht sie zu Instrumenten seiner Forschung. Seine Beziehung zu Zeo ist besonders grausam, da er die Freundschaft zwischen Zeo und Toby ausnutzt, Toby in einem Koma hält, um Druck auszuüben, bevor er sein Gedächtnis vollständig löscht, um seinen ultimativen Blader, Faust, zu erschaffen.

Im Laufe der Geschichte bleibt Ziggurat ein schattenhafter Puppenspieler, der es vorzieht, seine Pläne aus der Ferne zu beobachten, anstatt selbst an Kämpfen teilzunehmen. Seine größte Entwicklung findet statt, als seine ultimative Schöpfung, die Spiral-Kraft, nach einer Beschädigung zu schmelzen beginnt. Als die Stadt Hades zu kollabieren beginnt, zerfällt seine gelassene Fassade vollständig in Panik und Feigheit, er macht Ausreden für seine Handlungen und versucht, allein zu fliehen. In seiner letzten Konfrontation wird er in einem Beyblade-Kampf von Zeo besiegt, genau der Person, die er so lange manipuliert hatte.

Obwohl er in erster Linie ein Wissenschaftler und erst dann ein Blader ist, besitzt und verwendet Doktor Ziggurat ein Beyblade namens Spiral Capricorn 90MF. Es ist ein Bey vom Angriffstyp. Er wird jedoch nicht als besonders mächtiger oder erfolgreicher Blader dargestellt, und er verlässt sich typischerweise auf seine Geräte und Untergebenen, um seine Kämpfe zu führen. Sein einziger gezeigter Kampf endet mit einer klaren Niederlage gegen Zeo.