Kensaku Isami ist der Vater von Yuu Isami und Quincy Isami und fungiert als Hauptforscher des Antikörper-Projekts. Seine Arbeit konzentriert sich auf Orphan, das gigantische außerirdische Raumschiff, das als zentraler Schauplatz und Konfliktquelle der Serie dient, wo er später zum leitenden Wissenschaftler wird. Er ist mit Midori Isami verheiratet, die ebenfalls als Forscherin innerhalb von Orphan arbeitet. Kensakus Hauptmotivation ist seine wissenschaftliche Forschung, insbesondere das enorme Wissen in Orphan zu entschlüsseln. Dieses Ziel ist so alles verzehrend, dass er bereit ist, es trotz katastrophaler Folgen für die Erde zu verfolgen. Er und Midori wollen Orphan an die Erdoberfläche bringen und damit die Galaxie bereisen, ein Prozess, der die Vernichtung allen Lebens auf dem Planeten zur Folge hätte.

Was die Persönlichkeit betrifft, ist Kensaku Isami von einer tiefen und kalten Hingabe an seine Arbeit über alles andere geprägt. Seine Besessenheit von seinen Studien übertrifft jedes Gefühl persönlicher oder familiärer Verantwortung. Dies wird am deutlichsten durch seine Behandlung seiner eigenen Kinder veranschaulicht; er benutzte Yuu und Quincy als Versuchskaninchen, um zu erforschen, wie Antikörper auf menschliche Emotionen reagieren, und zeigte dabei wenig Rücksicht auf ihr Wohlergehen. Diese berechnende Natur stellt ihn fest in Opposition zu den Protagonisten, die die Verwüstung verhindern wollen, die seine Pläne auslösen würden.

Im Laufe der Geschichte ist Kensakus Rolle die eines primären Antagonisten und einer treibenden Kraft hinter den Reclaimers, der Organisation, die Antikörper steuert, um die wichtigen Disc-Platten von Orphan zu bergen. Seine Handlungen und seine Vernachlässigung prägen direkt die Hintergründe seiner Kinder; sein Sohn Yuu desertiert schließlich von Orphan, nachdem er von der Zerstörung erfährt, die seine Eltern bereit sind zu verursachen. Als Forscher wird Kensaku typischerweise nicht als Pilot oder Frontkämpfer dargestellt. Stattdessen liegen seine bemerkenswerten Fähigkeiten im Intellektuellen, in seinem wissenschaftlichen Fachwissen über die komplexen organischen Motoren und die außerirdische Technologie von Orphan selbst. Während sein Ziel unerschütterlich bleibt, durchläuft sein Charakter keine bedeutende persönliche Veränderung, sondern bleibt der Forschung und dem Aufstieg von Orphan während der gesamten Erzählung treu.