Midori Isami ist eine Wissenschaftlerin und eine Schlüsselfigur innerhalb der Orphan-Organisation, dem außerirdischen Raumschiff, das im Mittelpunkt der Geschichte steht. Sie ist die Ehefrau von Kensaku Isami und arbeitet als seine Assistentin bei ihrer Forschung über organische Energie und die Wiederbelebung von Orphan. Ihre Ehe mit Kensaku beruht nicht auf Zuneigung; sie ging sie hauptsächlich ein, um ihre eigenen wissenschaftlichen Ambitionen voranzutreiben und sich eine Machtposition in der Hierarchie von Orphan zu sichern. Von Natur aus kalt und berechnend, ist sie bereit, die Menschen um sich herum zu manipulieren, einschließlich ihrer eigenen Kinder, Yuu Isami und Quincy Issa, die sie eher als Werkzeuge zur Erreichung ihrer Ziele behandelt denn als Familienmitglieder, die Fürsorge verdienen. Sie zeigt wenig mütterliche Besorgnis und stellt oft ihre Forschung über ihr Wohlergehen, ein Muster, das zu den tiefen Rissen in der Familie Isami beiträgt.

Midoris Motivationen werden von einem Verlangen nach Kontrolle und Anerkennung angetrieben. Nachdem sie ihren eigenen Vater in jungen Jahren verloren hat, wuchs sie zu einer pragmatischen und opportunistischen Frau heran, die Beziehungen nutzt, um aufzusteigen. Sie unterstützt die Arbeit ihres Mannes an Orphan, hegt aber auch Verachtung für seine einseitige Besessenheit. Dieser Mangel an echter Verbundenheit führt dazu, dass sie anderswo persönliche Erfüllung sucht, und sie hat eine außereheliche Affäre mit Jonathan Glenn, einem Reclaimer-Piloten, den sie mehr mag als ihren Ehemann. Ihre Rolle in der Geschichte ist die einer Antagonistin innerhalb des wissenschaftlichen und politischen Rückgrats von Orphan, die sich direkt den Bemühungen der Protagonisten widersetzt, Orphans katastrophales Erwachen zu verhindern. Sie ist weitgehend gleichgültig gegenüber der größeren Zerstörung, die Orphans Wiederbelebung verursachen würde, und konzentriert sich stattdessen auf die potenziellen Durchbrüche und den Einfluss, den es bietet.

Zu den wichtigsten Beziehungen gehören ihre angespannten Bande zu ihrer Tochter Quincy Issa, die eine Reclaimer-Kommandantin wird, und zu ihrem Sohn Yuu Isami, der von Orphan abfällt. Beide Kinder wuchsen von ihr vernachlässigt auf, und diese Vernachlässigung schürt ihre späteren Konflikte mit ihr und der Sache von Orphan. Auch ihre Beziehung zu ihrer Mutter Naoko Isami ist von Ausbeutung geprägt, da Midori sie ohne Zögern für die Kinderbetreuung einsetzt. In Bezug auf die Entwicklung bleibt Midori im Laufe der Serie weitgehend statisch, ohne sich jemals zu bessern oder ihre selbstsüchtige Einstellung zu ändern. Ihre bemerkenswerten Fähigkeiten liegen in ihrer wissenschaftlichen Expertise, insbesondere in der Theorie der organischen Energie und dem Betrieb von Orphans Systemen, sowie in ihrem politischen Geschick bei der Navigation innerhalb der Führung der Organisation. Sie ist eine pragmatische und manipulative Figur, deren Handlungen die dysfunktionalen Dynamiken im Herzen der Familie Isami und des Orphan-Projekts unterstreichen.