Naoko Isami ist die Matriarchin des Haushalts Isami, eine Rolle, die in ihrer Vergangenheit als ehemalige Universitätsforscherin verwurzelt ist, die einst die mysteriöse Entität namens Orphan zusammen mit ihrem Forschungspartner und späteren Geliebten Winston Geybridge studierte. Als Geybridge nach Amerika aufbrach, heiratete sie einen Forscherkollegen namens Isamu, der jedoch kurz nach der Geburt ihrer Tochter Midori starb, als er einen Erdspalt untersuchte. Als Witwe und mit der Verantwortung für ihre Familie wurde Naoko zum emotionalen Anker des Haushalts. Sie zog ihre Enkelkinder Yuu und Quincy auf, als deren Eltern Kensaku und Midori von ihrer Arbeit im Inneren von Orphan vereinnahmt wurden und die Kinder als erste Testsubjekte für das Steuern der organischen Antikörper-Mecha namens Grand Cher einsetzten. Naoko empfindet tiefen Groll gegen diese Ausbeutung, doch sie lässt nicht zu, dass ihre Bitterkeit sie verzehrt; stattdessen bietet sie Yuu die Weisheit und Wärme, die ihm von seinen Eltern fehlen, und hilft ihm, seinen eigenen moralischen Kompass zu entwickeln. Ihre Persönlichkeit ist geprägt von stiller Widerstandsfähigkeit, einer fürsorglichen und liebevollen Art und einem klaren Verständnis von richtig und falsch. Sie lebt in einem Dorf über dem Ozean und pflegt ein Tomatenbeet, das zu einem symbolischen sicheren Hafen für die jüngeren Charaktere wird. Zu ihren wichtigsten Beziehungen gehören ihre liebevolle Bindung zu Yuu, ihre komplizierte, aber dennoch loyale Verbindung zu Winston Geybridge und ihre beschützende Haltung gegenüber Quincy und den anderen jungen Piloten, die in ihren Orbit gelangen. Bei der Wiedervereinigung mit Geybridge an Bord des Kriegsschiffs Novis Noah entfacht sie die romantischen Gefühle neu, die sie Jahrzehnte zuvor beiseitegelegt hatte – eine Entwicklung, die ihr im größeren Konflikt einen neuen Sinn gibt. Naoko steuert keinen Mecha und besitzt keine übernatürlichen Fähigkeiten; ihre Stärke liegt in ihrer Beständigkeit, ihrer Einsicht und ihrer Fähigkeit, in einer Geschichte apokalyptischer Umwälzungen eine friedliche, geerdete Perspektive zu bieten. Im Laufe der Serie entwickelt sie sich von einer Figur der häuslichen Stabilität zu jemandem, der die Besatzung der Novis Noah aktiv unterstützt, insbesondere indem sie die Protagonisten Hime und Yuu mit Geybridge bekannt macht und so entscheidende Allianzen ermöglicht. Ihr Bogen ist einer der Versöhnung: mit ihrer alten Liebe, mit der schmerzhaften Geschichte ihrer Familie und mit ihrer eigenen Rolle bei der Gestaltung einer besseren Zukunft.