Nagi Naoe ist ein fünfzehnjähriges Mitglied von Schwarz, einer antagonistischen Gruppe, die als Abteilung der Organisation Estet operiert und sich gegen das Attentäterteam namens Weiss richtet. Er wurde in Japan geboren und besitzt starke psychokinetische Fähigkeiten, die er durch Computerkenntnisse ergänzt.

Seine Kindheit war geprägt von Isolation und Angst der anderen vor seinen telekinetischen Kräften. In einem traumatischen Vorfall tötete Nagi versehentlich seine Mutter mit seinen Kräften und verdrängte später die Erinnerung daran. Nach diesem Ereignis wurde er von Brad Crawford von Schwarz aufgenommen, der seine übersinnlichen Fähigkeiten untersuchen wollte. Crawford übergab Nagi der Obhut von Schwester Kaoruko Amamiya, einer Nonne, die ein Waisenhaus leitete und sich auf die Behandlung traumatisierter Kinder spezialisiert hatte. Ohne Nagis Wissen setzte Schwester Amamiya Hypnose ein, um die Kinder in ihrer Obhut für kriminelle Zwecke zu kontrollieren. Das Weiss-Mitglied Ken Hidaka, das ebenfalls einst im Waisenhaus gelebt hatte, kehrte zurück, um zu ermitteln, und tötete die Nonne schließlich während eines Einsatzes. Nagi war Zeuge dieses Mordes und ließ in seiner Verzweiflung die Kirche mit seiner telekinetischen Kraft einstürzen. Von diesem Moment an schwor er Rache an Weiss, insbesondere an Ken Hidaka. Crawford holte Nagi daraufhin ab und schickte ihn zur Ausbildung in die Rosenkreuz-Einrichtung nach Deutschland, bevor er ihn offiziell in Schwarz aufnahm.

Nagi hegt eine tiefe Bitterkeit gegenüber der Gesellschaft, die er für seine Verlassenheit und Misshandlung als Kind verantwortlich macht. Seine Persönlichkeit ist distanziert und zurückhaltend, er zeigt nach außen hin sehr wenig Emotionen. Er ist ernst und verbittert und kanalisiert seinen Hass in seine Arbeit für Schwarz. Trotz seiner kalten Fassade ist Nagi zu tiefer Zuneigung fähig, die er durch seine Beziehung zu Tot zeigt, einer Figur, an der er stark hängt. Er ist das einzige Mitglied von Schwarz, von dem gezeigt wird, dass es eine solche persönliche Bindung hat, und es gelingt ihm sogar, Tot durch seine Kräfte wiederzubeleben. Seine Motivationen werden von einem Verlangen nach Rache an der Welt und an Weiss angetrieben, insbesondere an Ken, den er für den Tod von Schwester Amamiya und die Zerstörung seiner letzten Chance auf ein normales Leben verantwortlich macht.

In der Geschichte fungiert Nagi hauptsächlich als Antagonist, der seine Telekinese und Computerkenntnisse einsetzt, um das Weiss-Team bei ihren Einsätzen zu bekämpfen. Seine telekinetische Fähigkeit ist außergewöhnlich stark und ermöglicht es ihm, strukturelle Einstürze zu verursachen und Objekte mit großer Kraft zu manipulieren. Er zeigt auch die Fähigkeit, Tote wiederzubeleben, was auf ein außergewöhnliches Maß an Macht hindeutet. Seine Rolle innerhalb von Schwarz ist die des jüngsten Mitglieds und desjenigen, der am stärksten auf persönliche Rache fokussiert ist, obwohl seine Loyalität zu Crawford und der Gruppe intakt bleibt. Im Verlauf der Erzählung wird Nagi nicht wesentlich weicher, aber seine Bindung zu Tot bietet einen seltenen Einblick in Verletzlichkeit und emotionale Tiefe, die im Kontrast zu seiner ansonsten distanzierten Art steht.