Arata Kokonoe, fast ausschließlich unter seinem Codenamen Nine bekannt, ist ein 17-jähriger junger Mann und eine der beiden zentralen Figuren hinter der mysteriösen Terrorgruppe Sphinx. Er und sein Partner Twelve sind Überlebende eines geheimen Regierungsprojekts, bekannt als der Athena-Plan, das begabte Waisenkinder zu menschlichen Waffen machen wollte. Unter dem Alias Arata Kokonoe, um in der Gesellschaft unterzutauchen, schreibt er sich an einer Tokioter Oberschule ein, während er eine Reihe ausgeklügelter öffentlicher Bombenanschläge orchestriert, die nicht dazu dienen, zu töten, sondern die Welt dazu zu zwingen, sich mit den verborgenen Verbrechen der Institution auseinanderzusetzen, die ihn ausbeutete.

Physisch ist Nine groß, von durchschnittlicher Statur, mit kurz geschnittenem schwarzem Haar und einem Pony, der bis zu seinen Augen reicht, und einem Blick, der oft als grau oder schwarz beschrieben wird. Typischerweise trägt er dunkle, schlichte Kleidung und ist selten ohne eine Brille mit dunkelblauem Gestell zu sehen, die er erst gegen Ende seiner Geschichte verliert. Sein äußeres Auftreten ist von tiefer Stoizität geprägt; er ist streng, distanziert und gefasst und zeigt selten Emotionen. Diese ruhige Oberfläche verbirgt jedoch einen tiefen Brunnen aus Trauma und Verletzlichkeit. Nine wird von wiederkehrenden Albträumen über das Feuer heimgesucht, das er und Twelve legten, um ihrer Gefangenschaft zu entkommen, und bei dem er ein anderes Kind, Five, zurücklassen musste. Unter extremem Druck, wie wenn Five wiederauftaucht, um sie zu jagen, bricht diese emotionale Instabilität durch seine stoische Fassade und führt zu sichtbaren Panikattacken.

Trotz seiner kriminellen Handlungen handelt Nine nach einem strengen persönlichen Kodex. Während er Sprengstoff und Hacking einsetzt, um Chaos zu erzeugen, plant er jeden Anschlag akribisch, um zivile Opfer zu vermeiden, und geht sogar so weit, eine unschuldige Person vor einer Explosion zu schützen. Seine Motivationen sind weder Gier noch Bosheit, sondern ein kalkulierter, verzweifelter Versuch der Enthüllung. Sein Ziel ist es, die Verbrechen der Rising Peace Academy und des Athena-Plans aufzudecken, indem er die Sphinx-Rätsel als öffentliche Bühne nutzt, um die Polizei und die Regierung in ein Geduldsspiel zu zwingen, das sie nicht ignorieren können. In dieser Partnerschaft dient Nine als der Kopf gegenüber Twelve's impulsiverer Muskelkraft, erdenkt geniale Pläne und zeigt außergewöhnliche Fähigkeiten im Bereich Computer, Hacking und Strategie. Er besitzt auch eine bemerkenswerte Fähigkeit, Räume und Objekte in seinem Geist mit perfekter Klarheit zu visualisieren, was es ihm ermöglicht, andere durch komplexe Bombenplatzierungen zu führen oder ein Schachbrett mental zu rekonstruieren, um ein Rätsel zu lösen.

Seine Schlüsselbeziehungen bestimmen den Verlauf seines Lebens. Seine Bindung zu Twelve ist der Kern seiner Existenz; sie sind Kindheitsfreunde, Mitverschwörer und die einzige Familie, die sie noch haben. Gegenüber Lisa, einem einsamen Mädchen, das sich mit ihnen verstrickt, ist Nine deutlich distanzierter und weniger fürsorglich als Twelve. Diese Kälte rührt wahrscheinlich von dem Wunsch, sie zu schützen, indem er sie auf Abstand zu den tödlichen Konsequenzen ihrer Mission hält. Seine belastetste Beziehung ist die zu Five, einer ehemaligen Testperson aus dem Athena-Plan, die nun mit dem amerikanischen Geheimdienst zusammenarbeitet, um ihn zu jagen. Er hegt eine komplexe Mischung aus Hass und Schuldgefühlen ihr gegenüber, da er sie während ihrer Flucht zurückließ. Ihr späterer Tod überrascht ihn und zeigt, dass seine Gefühle für sie komplizierter sind als einfache Feindseligkeit.

Im Laufe der Geschichte wird Nine gezwungen, die Grenzen seiner Kontrolle zu konfrontieren. Das Auftauchen von Five verwandelt ihr vorsichtiges Spiel in einen tödlichen und chaotischen Wettkampf und legt seine emotionale Zerbrechlichkeit offen. Letztendlich erweist sich die körperliche Belastung durch die Medikamente, die ihm in seiner Kindheit im Athena-Plan verabreicht wurden, als tödlich. Er erliegt den gleichen lähmenden Kopfschmerzen, die Five plagten, ein symbolisches Ende für den Mastermind von Sphinx. In seiner letzten Tat erreicht er sein Hauptziel: die Detonation einer gestohlenen Atombombe in einem Höhen-EMPU-Angriff (elektromagnetischer Puls), der, obwohl für Menschen harmlos, die elektronische Infrastruktur Japans zerstört und die Wahrheit über den Athena-Plan ans Licht zwingt.