Nine, auch bekannt unter seinem Alias und bürgerlichen Namen Arata Kokonoe, ist eine der beiden zentralen Figuren der Serie. Er und sein Partner Twelve sind Überlebende eines geheimen Regierungsexperiments namens Athena-Plan, das darauf abzielte, Waisenkinder durch unethische Medikamentenversuche und psychologische Konditionierung zu intellektuellen Waffen zu machen. Nach der Flucht aus der Einrichtung nehmen sie die Identität der terroristischen Gruppe Sphinx an und führen eine Reihe aufwendiger Anschläge in Tokio durch, mit dem Ziel, die Wahrheit hinter dem Programm aufzudecken und die Gesellschaft zu zwingen, die an ihnen begangenen Verbrechen anzuerkennen.

Was die Persönlichkeit betrifft, ist Nine reserviert, ruhig und hochgradig analytisch. Er bewahrt selbst unter extremem Druck eine stoische Haltung und geht ihre Operationen mit kalter Logik und akribischer Planung an. Er ist außergewöhnlich intelligent, mit fortgeschrittenen Fähigkeiten in Informatik, Hacking, Kryptographie und strategischem Denken, und vergleicht ihre Pläne oft mit einer Schachpartie. Er hat auch eine Vorliebe für klassische Literatur, was seine nachdenkliche und introspektive Seite widerspiegelt. Trotz seiner kontrollierten Fassade wird er von einem tiefsitzenden Zorn über die Ungerechtigkeiten angetrieben, die er und Twelve erlitten haben, obwohl sich dieser Zorn im Laufe der Geschichte zu einem differenzierteren Verlangen nach Gerechtigkeit und dem Schutz derer entwickelt, die ihm am Herzen liegen.

Nines Hauptmotivation ist es, die Verbrechen des Athena-Plans aufzudecken und ein Gefühl der Handlungsfähigkeit zurückzugewinnen, das ihm gestohlen wurde. Seine Rolle in der Geschichte ist die des Masterminds: Er entwirft die Rätsel, koordiniert die Überfälle und stellt sicher, dass jeder terroristische Akt einem größeren Zweck in ihrem Streben nach der Wahrheit dient. Er ist die ruhigere, berechnendere Hälfte des Sphinx-Duos, im Gegensatz zu Twelves impulsiverer und emotional ausdrucksstärkerer Natur. Seine Beziehung zu Twelve ist grundlegend – sie verbindet eine tiefe Bindung, die durch gemeinsame Traumata geschmiedet wurde, und Nine fühlt sich stark für die Sicherheit seines Partners verantwortlich. Er geht auch eine bedeutende Verbindung mit Lisa Mishima ein, einer Außenstehenden, die in ihre Mission verwickelt wird, und seine Interaktionen mit ihr mildern allmählich seine distanzierte Haltung, sodass er beschützend gegenüber ihr handelt. Der Detektiv Shibazaki dient ebenfalls als Gegenpart, der Nines Weltbild herausfordert und ihn zwingt, über das moralische Gewicht seiner Handlungen nachzudenken.

Im Laufe der Serie durchläuft Nine eine bemerkenswerte Charakterentwicklung. Anfangs von Rache und dem Wunsch getrieben, die Wahrheit aufzudecken, wandelt er sich allmählich zur Selbstlosigkeit, was in einem Opfer gipfelt, um Twelve während einer Konfrontation zu schützen. Diese Veränderung unterstreicht sein emotionales Wachstum und seine Bereitschaft, andere über sich selbst zu stellen. Allerdings erweist sich die körperliche Belastung durch die experimentellen Drogen, die er als Kind einnehmen musste, als tödlich. Er leidet während der gesamten Serie unter starken Kopfschmerzen, und in der letzten Folge erliegt er den kumulativen Schäden, obwohl sein Tod eher symbolisch als explizit dargestellt wird. Sein Grab, markiert mit der Nummer neun, wird ein Jahr später von Lisa und Shibazaki besucht, was die nachhaltige Wirkung seines kurzen, aber bedeutenden Lebens unterstreicht.

Zu seinen bemerkenswerten Fähigkeiten gehören seine außergewöhnlichen Hacking- und Computerkenntnisse, strategische Planung, Geschick in der Verkleidung und die Fähigkeit, komplexe Codes zu entschlüsseln. Seine intellektuellen Gaben machen ihn zu einem formidablen Gegner für die Strafverfolgungsbehörden und die Agenten, die geschickt werden, um Sphinx zu stoppen. Trotz seines beeindruckenden Verstandes bleibt seine körperliche Gesundheit eine Schwachstelle, was die Zerbrechlichkeit betont, die seiner gefassten Fassade zugrunde liegt.