En Honoka ist eine der zweiundzwanzig identischen Klonschwestern, die als Honoka-Schwestern bekannt sind und als Guardian-Piloten für das Saatenschiff Sidonia erschaffen wurden. Sie gilt als die Älteste unter ihnen und pilotiert die Einheit TS203 oder TS703. Wie ihre Schwestern hat En eine schlanke Statur, ist recht groß und hat hellrosa Haare, die im Hime- oder Prinzessinnenschnitt gestylt sind, sowie braune Augen. Obwohl ihr chronologisches Alter etwa fünf Jahre beträgt, hat sie beschleunigtes Wachstum und komprimiertes mentales Training durchlaufen, um ihre Kampfpflichten zu erfüllen.

En wird als Auszubildende Pilotin mit einer bemerkenswert aggressiven und nachtragenden Veranlagung eingeführt, insbesondere gegenüber dem Protagonisten Nagate Tanikaze. Diese Feindseligkeit rührt von einem Missverständnis her, als sie fälschlicherweise glaubte, Nagate würde sie und ihre Schwestern im Umkleideraum ausspionieren, was dazu führte, dass sie ihn körperlich angriff. Im Verlauf der Erzählung nimmt En zusammen mit Nagate, Kunato und Shizuka Hoshijiro an einer kritischen Mission teil, um eine mächtige Waffe namens Kabizashi von einem früheren Schlachtfeld zu bergen. Während dieser Operation wird sie kampfunfähig gemacht und fällt anschließend für einen längeren Zeitraum in Ohnmacht, in dem sie von einer Explosion während eines Kampfes gegen eine Gekettete Gauna bis zu einer späteren Konfrontation mit einer Asteroiden-versteckenden Gauna in diesem Zustand verharrt.

Nachdem sie das Bewusstsein wiedererlangt hat, hegt En weiterhin ihren Groll gegenüber Nagate und zeigt ein langes Gedächtnis für vermeintliche Kränkungen. Ihre Feindseligkeit wird weiter unterstrichen, als sie Nagate angreift, nachdem er sie und eine andere Schwester, Ren, versehentlich unterbricht, während sie Photosynthese betreiben, einem biologischen Prozess, der wahrscheinlich mit ihrer geklonten Natur zusammenhängt. Trotz dieser anhaltenden Wut wird angedeutet, dass En zusammen mit Ren romantische Gefühle für Nagate entwickelt, was ihren Interaktionen mit ihm eine persönliche Komplexität verleiht. Ihre Kernmotivationen entwickeln sich vom Beweis ihrer Fähigkeiten als Pilotin und der Verteidigung Sidonias vor den außerirdischen Gauna hin zur Bewältigung ihrer persönlichen Beschwerden und aufkeimenden Zuneigungen zu einem Kameraden. Schlüssel zu ihrer Entwicklung ist die Beziehung zu ihrer Schwester Ren, die Nagate vertraut und aktiv versucht, Ens zerrüttetes Verhältnis zu ihm zu kitten. Weitere bemerkenswerte Beziehungen sind ihre Waffenbrüder wie Kunato, mit dem sie im Bergungstrupp diente.

Als Pilotin umfassen Ens bemerkenswerte Fähigkeiten das Bedienen eines Guardians in risikoreichen Kampfeinsätzen gegen die Gauna, die Hauptgegner der Serie. Ihre Rolle in der Geschichte ist die einer Nebenfigur, deren persönliche Vendetta und allmähliche Perspektivwechsel die zwischenmenschlichen Konflikte unter Sidonias Verteidigern hervorheben. Durch ihre Reise von einer zornigen Anklägerin zu einer potenziellen Verbündeten, die aus einer langen Genesung hervorgeht, trägt En Honoka zur Erkundung von Pflicht, Erinnerung und den Banden bei, die zwischen konstruierten Soldaten, die für das Überleben der Menschheit kämpfen, geschmiedet werden.