Nagatomimaru ist der Deckname, den Ieshige Tokugawa, der älteste Sohn des achten Tokugawa-Shoguns, verwendet, wenn er heimlich den Palast verlässt. Er ist ein junger Mann, der weder über nennenswerte körperliche Stärke noch über Kampffähigkeiten verfügt, dies jedoch durch einen tiefen und unstillbaren Wissensdurst ausgleicht. Sein lernbegieriges Wesen treibt ihn dazu, Informationen über eine Vielzahl von Themen zu suchen, darunter die riesigen Insekten, die als Mushi bekannt sind und Edo heimsuchen. Aufgrund seines Wunsches, diese Kreaturen zu erforschen, versucht er, unter dem falschen Namen Nagatomimaru in das Insektenmagistrat einzudringen, um Zugang zu dessen eingeschränkten Archiven zu erhalten. Bei diesem Versuch wird er gefasst, doch nachdem seine wahre Identität entdeckt wird, wird ein Handel geschlossen.

Was seine Persönlichkeit betrifft, ist Nagatomimaru ein ernster und zurückhaltender Mensch, der desillusioniert von den Menschen und der politischen Unehrlichkeit um ihn herum ist. Er trägt gewohnheitsmäßig eine Nō-Maske, um seine Emotionen und seinen Ekel vor den Lügen, denen er begegnet, zu verbergen. Diese Maske erlaubt es ihm, seine wahren Gefühle zu verstecken und eine gefasste Fassade zu wahren. Trotz seiner zynischen Einstellung ist er grundsätzlich lernbegierig und dem Streben nach Wissen gewidmet, wobei er Trost in Büchern und im Lernen findet.

Er wird von einer echten Neugier auf die Welt und dem Wunsch, die Bedrohung durch die Mushi zu verstehen, angetrieben. Seine Rolle in der Geschichte ist die eines wissenden Verbündeten, der den Hauptfiguren entscheidende Informationen liefert, insbesondere nachdem er sich mit dem Protagonisten Jinbei Tsukishima anfreundet. Seine wichtigste Beziehung ist die zu Jinbei, der ihn für seine Weisheit respektiert und ihn als Freund behandelt, ohne zunächst zu wissen, dass Nagatomimaru in Wirklichkeit der zukünftige Shogun ist. Diese Freundschaft markiert eine bedeutende Entwicklung für Nagatomimaru, da er beginnt, sich zu öffnen und anderen mehr zu vertrauen, wobei er einen Teil seiner früheren Desillusionierung überwindet.

Was bemerkenswerte Fähigkeiten betrifft, besitzt Nagatomimaru keine besonderen Kampffertigkeiten. Sein größtes Kapital sind sein Intellekt und sein umfangreiches Wissen, das er bereitwillig einsetzt, um dem Insektenmagistrat in seinen Kämpfen gegen die Mushi zu helfen. Sein wahrer Wert liegt in seinem analytischen Verstand und seiner Fähigkeit, die Natur der Bedrohungen, denen sie gegenüberstehen, zu verstehen.