Doktor Indigo fungiert als Arzt und leitender Wissenschaftler der Goldenen Löwen-Piraten und ist die rechte Hand ihres Kapitäns, des legendären Piraten Shiki. Seine Loyalität zu Shiki ist ein prägendes Merkmal; er dient ihm seit Jahrzehnten und bleibt den großen Ambitionen des Kapitäns voll und ganz ergeben. Diese Beziehung ist nicht rein beruflich, da die beiden ein komödiantisches Verhältnis teilen, oft seltsame Tänze und Rituale vollführen, was die bizarre und theatralische Dynamik ihrer Crew unterstreicht.

Indigo selbst ist ein Mann extremer Eigenheiten. Sein Erscheinungsbild hebt ihn sofort hervor, da er einem Pantomimen oder Clown ähnelt. Er hat indigofarbenes Haar, einen großen Körperbau mit einem Bierbauch und dünnen Gliedmaßen, und sein Gesicht ist strahlend weiß bemalt mit violetten Linien um die Augen. Diese theatralische Präsentation erstreckt sich auch auf sein Verhalten; er versucht häufig, mit stummen Pantomime-Gesten zu kommunizieren, eine Fähigkeit, die er nicht sehr gut beherrscht. Er zeigt sich sichtlich überrascht, wenn ihn jemand versteht, und ist dafür bekannt, spezielle Schuhe zu tragen, die bei jedem Schritt ein lautes, furzartiges Geräusch erzeugen, scheinbar unbekümmert um die Verärgerung, die dies bei anderen hervorruft. Hinter dieser komischen und manchmal irritierenden Fassade verbirgt sich jedoch ein berechnenderer und rücksichtsloserer Charakter, der zu grausamen Handlungen fähig ist.

Das Hauptmotiv von Doktor Indigo ist die Umsetzung von Shikis großem Plan zur Weltherrschaft. Dieser Plan drehte sich um eine mächtige Substanz namens IQ, eine Pflanzenart, die auf einer bestimmten Insel vorkommt. Zwanzig Jahre lang widmete sich Indigo der Erforschung von IQ und der Entwicklung von Seren daraus. Seine wissenschaftlichen Durchbrüche ermöglichten es ihm, das SIQ-Serum zu erschaffen, das Tiere zu monströsen, hochaggressiven und mächtigen Kreaturen mutieren lässt. Diese verstärkten Bestien sollten den Kern von Shikis neuer Armee bilden, die in der Lage war, die East Blue und damit auch die Weltregierung zu überwältigen.

In der Geschichte von Strong World ist Indigo der Architekt der Hauptbedrohung, der sich die Strohhut-Piraten gegenübersehen, da er für die Erschaffung der furchterregenden Fauna verantwortlich ist, die die schwebenden Inseln von Merveille heimsucht. Seine Rolle in der Handlung bringt ihn direkt in Opposition zur Crew, insbesondere zu Tony Tony Chopper, dem eigenen Arzt der Strohhüte, und Usopp. Als die beiden versuchen, das IQ zu stehlen, um Nami von dessen Gift zu heilen, stellt sich Indigo ihnen entgegen und zeigt seine Fähigkeiten als Kämpfer. Später wird er von Roronoa Zoro in einen vollständigen Kampf verwickelt. Trotz seiner wissenschaftlichen Fähigkeiten und seines einzigartigen Kampfstils wird er letztendlich von Zoros mächtiger Neun-Schwert-Technik, Asura, besiegt.

Als Kämpfer verlässt sich Doktor Indigo nicht auf körperliche Stärke oder eine Teufelsfrucht-Kraft. Tatsächlich wird gezeigt, dass er schwimmen kann, was bestätigt, dass er keine Teufelsfrucht gegessen hat. Stattdessen stammt seine Kampffähigkeit direkt von seinem chemischen Fachwissen. Seine charakteristische Technik heißt Chemisches Jonglieren, mit der er leuchtende, explosive chemische Kugeln aus seinem Körper erzeugen und in schneller Folge auf seine Feinde abfeuern kann. Für einen verheerenderen Angriff kann er diese Kugeln zu einer einzigen, enormen Masse verdichten, um eine Explosion von viel größerem Ausmaß zu erzeugen, einen Angriff, den er Massenjonglieren nennt. Dieser Kampfstil spiegelt seine Persönlichkeit wider, da der Prozess des Erzeugens und Abfeuerns der Kugeln den Bewegungen eines Jongleurs ähnelt und so seine wissenschaftliche Fähigkeit mit seiner theatralischen Natur verbindet. Seine eigene Schöpfung kann volatil sein, da Schäden an seinem Körper dazu führen können, dass seine chemischen Verbindungen unkontrolliert entzünden und explodieren.