In der Erzählung von Fate/stay night: Unlimited Blade Works ist Gilgamesch der Hauptgegner, ein uralter und übermächtiger heroischer Geist, der als Diener der Archer-Klasse beschworen wird. Sein Ursprung ist der des legendären Königs von Uruk, einer Figur aus dem ältesten bekannten Epos der Menschheitsgeschichte, oft als König der Helden bezeichnet. Nachdem er sein Leben gelebt und als erster Held überhaupt unsterblich gemacht wurde, betrachtet Gilgamesch alle anderen Legenden und ihre modernen Nachfahren als bloße Nachahmer, die seines Respekts unwürdig sind. Diese grundlegende Überzeugung prägt jeden Aspekt seiner Persönlichkeit, die von überwältigender Arroganz, hochmütiger Verachtung und einem fast kindischen Beharren darauf geprägt ist, dass alle Schätze der Welt ihm rechtmäßig gehören.

Während der Ereignisse des Fünften Heiligen Gral-Krieges ist Gilgamesch ein abtrünniger Diener, der den vorherigen Krieg ein Jahrzehnt zuvor überlebt hat. Er ist lose mit dem Priester Kirei Kotomine verbündet, aber seine Stärke erlaubt es ihm, unabhängig ohne die Unterstützung eines traditionellen Meisters zu handeln. Für die Unlimited Blade Works-Route wird er vorübergehend dem unfähigen Magus Shinji Matou geliehen, eine Beziehung, die Gilgamesch mit offener Verachtung behandelt, da er Shinji als nützliches, aber völlig unbedeutendes Werkzeug betrachtet. Seine Hauptmotive sind zweigeteilt. Das erste ist seine tiefsitzende Abscheu gegenüber der modernen Ära, die er als überfüllt mit „nutzlosen Menschen“ wahrnimmt, einer Ansammlung von Individuen ohne Zweck oder einzigartigen Wert, was ihn zu dem Schluss führt, dass die Menschheit drastisch ausgedünnt werden muss. Das zweite, persönlichere Motiv ist seine Fixierung auf den Diener Saber. Gilgamesch ist besessen davon, sie für sich zu beanspruchen, da er sie als einen schönen und seltenen Schatz betrachtet, der allein unter den Artefakten der modernen Ära seines Besitzes würdig ist.

Seine Rolle in der Geschichte ist die des letzten, fast unüberwindlichen Hindernisses. Er demonstriert seine erschreckende Macht früh, indem er mühelos den Halbgott Berserker besiegt und die junge Meisterin Illyasviel brutal hinrichtet, indem er ihr magisches Herz herausreißt, um seine Pläne voranzutreiben. Letztendlich versucht er, Shinji Matou als physischen Kern zu nutzen, um den Heiligen Gral zu manifestieren, in der Absicht, seine zerstörerische Kraft freizusetzen, um den Großteil der Menschheit zu säubern. Seine wichtigsten Beziehungen sind von seiner Überlegenheit geprägt. Er teilt eine zynische Kameradschaft mit Kirei Kotomine, der einzigen Person, deren verdrehte Natur er wirklich unterhaltsam findet. Seine „Partnerschaft“ mit Shinji ist eine der reinen Bequemlichkeit, und seine Dynamik mit seinem letzten Gegner, Shirou Emiya, ist eine der absoluten Geringschätzung, da er nicht begreifen kann, dass ein bloßer „Fälscher“ eine Bedrohung darstellen könnte.

Trotz seiner gottgleichen Macht zeigt Gilgamesch im Verlauf der Route fast keine Charakterentwicklung. Er ist eine statische Figur, unveränderlich in seiner Überzeugung, der alleinige Schiedsrichter über den Wert und der rechtmäßige Herrscher der Welt zu sein. Sein Untergang wird genau aus diesem unveränderlichen Fehler konstruiert: seinem Hochmut. Er weigert sich konsequent, einen Gegner ernst zu nehmen, da er den vollen Einsatz seiner Macht gegen einen „Mischling“ als Beleidigung seiner Majestät betrachtet. Diese fatale Arroganz erlaubt es Shirou Emiya, eine kritische Schwachstelle auszunutzen. In seiner Realitätskammer, „Unlimited Blade Works“, kann Shirou Waffen schneller projizieren, als Gilgamesch sie aus seiner Schatzkammer holen kann, was die eigene Taktik des Königs der Helden gegen ihn wendet und Gilgamesch letztendlich seinen Arm und den Kampf kostet.

In Bezug auf Kampffähigkeiten gehört Gilgamesch zu den stärksten Dienern im gesamten Heiligen Gral-Krieg. Seine Hauptwaffe ist das Tor von Babylon, ein Schlüssel, der ein Portal zu seiner riesigen Schatzkammer öffnet und es ihm erlaubt, einen Hagel legendärer Edler Phantasmals als Geschosse abzufeuern. Zu seinen bemerkenswertesten Besitztümern gehört das Schwert Ea, ein „anti-weltliches“ Edles Phantasma von immenser Macht, das er nur für diejenigen reserviert, die er für würdig erachtet, da sein Angriff, Enuma Elish, fast alles zerstören kann, einschließlich realitätsverändernder magischer Barrieren. Er führt auch die Ketten des Himmels, Enkidu, eine fesselnde Waffe, deren Kraft mit der Göttlichkeit des Ziels wächst, was sie außergewöhnlich effektiv gegen andere Helden macht, die von Göttern abstammen. Diese Fähigkeiten, kombiniert mit seinem Charisma der Stufe A+ und unabhängigem Handeln, machen ihn zu einem fast unbesiegbaren Feind, der nur durch seinen eigenen monumentalen Stolz eingeschränkt wird.