Mokuba Kaiba ist der jüngere Bruder von Seto Kaiba und tritt in Yu-Gi-Oh! Der Film: Pyramid of Light als Nebenfigur auf. Er ist ein loyaler und liebevoller Bruder, der seinen älteren Bruder stets unterstützt, selbst als Seto nach der Übernahme von KaibaCorp kalt und rücksichtslos wird. Mokuba sorgt sich sehr um Seto und wünscht sich, ihn wieder lächeln zu sehen – eine Wärme, an die er sich aus ihrer gemeinsamen Zeit in einem Waisenhaus vor ihrer Adoption erinnert. Trotz seiner Hingabe zögert Mokuba nicht, Seto zu hinterfragen, wenn er glaubt, dass sein Bruder einen Fehler macht, was einen starken moralischen Kompass und unabhängiges Denken zeigt.

Im Verlauf des Films begleitet Mokuba Seto zur Duell-Arena, wo Seto Yami Yugi zu einem Duell zwingt. Als das Duell eine gefährliche Wendung nimmt und das Gebäude zu bröckeln beginnt, flieht Mokuba in Sicherheit. Später wird er zusammen mit Tea Gardner und Solomon Muto von Maximillion Pegasus gerettet, der mit einem Hubschrauber eintrifft. Mokubas Präsenz in der Geschichte dient als emotionaler Anker für Seto, der alles riskiert, um seinen Bruder zu beschützen. Am Ende des Films verlässt der verletzte Seto mit Mokuba den Ort und bekräftigt sein Gelübde, Yugi eines Tages zu besiegen.

Mokubas Persönlichkeit ist von Vergebung und Widerstandsfähigkeit geprägt. Er hegt keinen Groll und vergibt schnell, besonders seinem Bruder, trotz der Strapazen, die er durch häufige Entführungen durch Setos Feinde erleidet. Er bekleidet die Position des Vizepräsidenten von KaibaCorp, was auf seine Beteiligung am Familienunternehmen und seine Kompetenz jenseits seines Alters hinweist. Obwohl er im Film kein Duellant ist, unterstreicht seine Rolle das Thema der brüderlichen Bindung und bietet einen wichtigen emotionalen Ausgleich zu Setos obsessiver Rivalität mit Yugi.